Recrudescence du nombre de cas de COVID-19 en France, nouveaux variants : ce qui rassure et ce qui inquiète

 

Vidéo tournée le 28 août 2023

France ^__ Bonjour. Gilles Pialoux, je suis professeur de maladies infectieuses et tropicales à l’hôpital Tenon et à Sorbonne Université. Je suis ravi de vous retrouver pour cette fin d’été 2023, malheureusement avec un petit retour du Covid, enfin un petit… l’avenir le dira, mais qui nécessite un certain nombre d’explications.

La première, c’est d’où vient l’alerte ? Elle vient d’une nouvelle organisation de la surveillance du Covid en France, qui est très allégée mais un peu complexe. Il y a deux réseaux qui s’occupent de la surveillance syndromique, le réseau qui s’appelle SurSaUD®, qui s’écrit « aUD », et un autre qui s’appelle OSCOUR®, avec des petits jeux de mots, OSCOUR étant l’organisation de la surveillance coordonnée des urgences, qui mêle à la fois les urgences hospitalières et SOS Médecins. Cette surveillance syndromique a inclus le Covid dans un certain nombre de pathologies qui vont des piqûres d’insectes aux coups de chaleur, en passant par la varicelle et aux méningites virales.

Une alerte en plein milieu des vacances d’été

L’alerte a été donnée en semaine 31, c’est-à-dire la dernière semaine de juillet. Les deux premières semaines d’août ont connu une augmentation de circulation du Covid aux urgences chez les moins de 2 ans et les plus de 75 ans, avec une répartition géographique inégale : les Pays de Loire étant à ce moment-là les plus impactés avec plus de 210 % de passage.

Même si le signal est assez faible, il n’en est pas moins important à discuter.

 

Ce qu’il faut savoir, c’est que tous les autres marqueurs que l’on avait, notamment la base SI-Dep – base de surveillance des tests réalisés en ville et à l’hôpital – est à l’arrêt, de même que si vous allez sur le site de Santé Publique France, les données de prévalence (R0), c’est-à-dire le taux de transmission, et les données de taux de positivité des tests, sont à l’arrêt depuis maintenant plusieurs mois. Il en est de même pour TousAntiCovid – si vous allez sur l’application TousAntiCovid, vous verrez qu’il y a marqué qu’on est en pause. C’est donc avec des données très parcellaires qu’on essaie de suivre cette épidémie. Par exemple, si vous allez sur le site du CDC d’Atlanta, vous aurez les données de prévalence, de taux de positivité, de taux d’hospitalisation, de taux de mortalité, etc. C’est un choix qu’a fait la France.

 

Toujours dans la mouvance d’Omicron

La deuxième information est qu’on a de nouveaux variants et on s’y perd un peu, on va essayer de clarifier les choses. On est toujours dans la mouvance Omicron, qui a été, comme vous le savez, majoritaire depuis janvier 2023 – apparue en novembre 2022.

Ce sont des sous-variants et, notamment, des recombinants que l’on reconnaît à leurs chiffres commençant par 3 lettres de type XBB. Ces recombinants sont la combinaison de deux sous-variants d’Omicron (de types BA.2) avec un point de cassure du génome qui se situe au niveau de la protéine Spike, et plus précisément au niveau du domaine qui permet l’accrochement aux cellules via le receptor binding domain, le RBD.

Évidemment, ces mutations et ces variants recombinants vont dans un sens d’échappement plus important à la réponse immunitaire.

 

EG.5.1 (XBB 1.9.2.5.1) : un recombinant en passe de devenir majoritaire

Sur le site du CDC, nous avons un variant qui est apparu, maintenant, au niveau mondial comme étant celui qui va probablement devenir majoritaire et qui se nomme EG.5.1 (XBB 1.9.2.5.1).

Alors, il y a un petit malin qui s’amuse à appeler ces variants par des noms, en l’occurrence ici Eris, c’est-à-dire de la déesse de la discorde. Je crois qu’il faut lui garder son appellation. C’est encore un XBB, c’est-à-dire un recombinant, et il est en passe de devenir majoritaire dans la fin de ce mois d’août avec des mutations extrêmement importantes sur la protéine Spike. On arrive très bien à suivre sa filiation. Ce sont des différentes sources de recombinants qui ont diffusé durant l’année 2022, puis 2023. C’est très important, puisqu’on est ici avec un variant d’échappement plus important qui n’a certes pas plus de pathogénicité, pas plus mais pas moins non plus. Il a probablement, une affinité – cela mérite d’être affiné – plus importante pour les cellules, mais pour l’instant ce n’est pas encore démontré pour ce variant EG.5.1, de son vrai nom : XBB 1.9.2.5.1. Je sais qu’Eris, c’est plus simple, mais voilà, cela permet aussi de savoir où on en est.

 

Variant BA.2.86 :  plus de 30 mutations sur la protéine Spike

Il y a trois types de variants : les variants sous surveillance, les variants dits d’intérêt et les variants préoccupants (VOC). Il faut savoir que l’OMS traque actuellement trois variants d’intérêt, sept variants qui sont sous surveillance et pas de variants préoccupants. Les fameux VOC qui, eux, ont droit à des lettres de l’alphabet grec comme Alpha, Delta, Omicron.

Un petit dernier apparu dans le courant du mois d’août avec une alerte du CDC et de l’OMS, est le variant BA.2.86 dont on n’a pas encore de preuve de circulation en France [NB: un cas détecté dans le Grand-Est au 1er septembre]. Ce dernier préoccupe, parce qu’il a plus de 30 mutations sur la protéine Spike.

Des éléments d’inquiétudes, d’autres rassurants

On peut tout de même se rapporter, à des éléments à la fois d’inquiétude et tranquillité avec un papier du Dr Wang, publié dans Cell en 2023. Il montre que tous ces variants échappent de plus en plus, avec une intensité croissante, aux anticorps monoclonaux d’une part et à la réponse immunitaire induite soit par la vaccination, soit par l’infection d’autre part. Cet article dans Cell montre aussi que ces variants ont sensiblement une affinité pour les récepteurs ACE2 qui est constante ou en augmentation, c’est le point d’inquiétude.

Un autre papier du New England datant du début de l’année 2023 est à rappeler, puisque les auteurs avaient déjà testé les XBB par rapport aux différents antiviraux – le paxlovid, mais aussi le molnupiravir ou le remdésivir. Il faut savoir que ces variants voient une sensibilité conservée aux antiviraux, donc un élément plutôt positif sur ce point-là.

Autre élément positif, pour finir, c’est que, bien sûr, un certain nombre d’entreprises et de laboratoires développent des anticorps monoclonaux adaptés à ces variants, d’une part, et, bien sûr, on le verra d’ici septembre-octobre, septembre selon la FDA, où on aura des vaccins de deuxième génération bivalents adaptés à ces recombinants.

[Notons que le 30 août, le comité des médicaments humains (CHMP) de l'EMA a recommandé d'autoriser un vaccin Comirnaty adapté ciblant le sous-variant Omicron XBB.1.5.]

 

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Citer cet article: Recrudescence du nombre de cas de COVID-19 en France, nouveaux variants : ce qui rassure et ce qui inquiète - Medscape - 1er sept 2023.