COVID-19 : que sait-on des variants BQ.1, BQ.1.1 et XBB ?

Stéphanie Lavaud

Auteurs et déclarations

2 novembre 2022

Paris, France – De nouveaux variants dérivant de la souche Omicron circulent en France et dans le monde. Certains d’entre eux comme BQ.1.1 en Europe ou encore XBB en Asie sont particulièrement surveillés du fait de leurs mutations sur la protéine Spike, leur conférant un potentiel pouvoir d’échappement immunitaire. Santé publique France (SPF) a fait le point sur leurs caractéristiques [1] .

Diversification génétique au sein du lignage Omicron

Les données de séquençage confirment la circulation exclusive du VOC (variant of concern) Omicron dans toutes les régions de France métropolitaine et en Outre-mer, indique SPF. En France métropolitaine, il représentait 100% des séquences interprétables de l’enquête Flash du 10/10/2022. Au sein du variant Omicron, le sous-lignage BA.5 est majoritaire depuis plusieurs mois : il représentait (tous sous-lignages inclus), 91% des séquences interprétables de l’enquête Flash du 10/10/2022. C’est aussi le sous-lignage qui est actuellement majoritaire à l’échelle internationale.

Cependant, une diversification génétique est apparue au sein d’Omicron et plus particulièrement au sein de BA.5, et de nombreux sous-lignages circulent aujourd’hui en parallèle. « En France métropolitaine, les sous-lignages de BA.5 les plus détectés au cours de l’enquête Flash du 10/10/2022 sont BQ.1.1 (21%), BF.7 (15%), BA.5.2 (12%), BA.5.1 (10%), et BA.5.2.1 (8%) » signale SPF. La détection du sous-lignage BQ.1 de BA.5 est en augmentation en Europe, du fait d’un probable échappement immunitaire souligné par les données in vitro. Les prévisions européennes le donnent majoritaire, d’ici fin 2022.

BQ.1.1 en augmentation rapide en France

La France n’échappe pas à cette propagation rapide, et aujourd’hui, la majorité des séquences BQ.1 correspondent à son sous-lignage BQ.1.1. La détection de BQ.1.1 a connu une augmentation rapide depuis l’enquête Flash du 19/09/2022 (2%, 10% et 19% au cours des enquêtes Flash du 19/09, 26/09 et 03/10/2022, respectivement), mais qui semble se ralentir (21% au cours de l’enquête Flash du 10/10).  Pour Santé publique France, « il est cependant encore trop tôt pour évaluer le possible impact de BQ.1.1 sur la dynamique épidémique ». Dans son dernier rapport, le  Comité de Veille et d’Anticipation des Risques Sanitaires (Covars) signale qu’ « aucun impact clinique significatif lors d’une infection par ces virus n’a encore été observé ».

 

BQ.1 (et son sous-lignage BQ.1.1) est un sous-lignage de BA.5 qui circule largement au Nigeria. Comparé à son lignage parental (BE.1.1.1), BQ.1 est caractérisé par les mutations K444T et N460K, et BQ.1.1 porte en plus la mutation R346T. Ces mutations sont situées sur des sites importants de la protéine Spike, impliqués à la fois dans l’interaction avec son récepteur et dans la reconnaissance par les anticorps.

XBB : un avantage de croissance significatif

En Asie, tous les yeux sont rivés vers le BA.2 et ses dérivés, dont le fameux XBB.

XBB est un recombinant de deux sous-lignées BA.2 et, en particulier, BA.2.10.1 et BA.2.75, a expliqué récemment la Dr Maria Van Kerkhove lors d’une conférence de presse de l’OMS [3]. Parmi tous les sous-lignages d’Omicron testés in vitro, XBB présente l’échappement le plus important à la neutralisation par les anticorps post-vaccinaux ou post-infection. « Il y a quelques jours, nous disposions d'environ 827 séquences provenant de 26 pays pour les évaluer et nous savons que ce recombinant présente un avantage de croissance significatif », a-t-elle confirmé. L’efficacité des anticorps monoclonaux contre XBB est aussi diminuée. « Avec ce recombinant XBB, nous avons une étude basée sur un pseudovirus, donc pas un virus vivant, qui analyse l'échappement aux anticorps et qui montre une évasion immunitaire significative. Et cela nous préoccupe car nous devons nous assurer que les vaccins utilisés dans le monde entier restent efficaces pour prévenir les maladies graves et les décès. Donc, plus ce virus circule, plus il a de possibilités de changer », a indiqué la Dr Maria Van Kerkhove.

Pour autant, au niveau mondial, « XBB est encore peu détecté : 0,4% (356 / 98 403) des séquences déposées sur GISAID entre le 25/09 et le 24/10/2022, contre 0,1% (197 / 282 198) entre le 25/08 et le 24/09/2022 » indique SPF. Il circule cependant de manière importante au Bangladesh et à Singapour, où sa détection augmente depuis début octobre 2022 au détriment de BA.2.75, concomitamment à une vague épidémique. Face une couverture médiatique de la situation à Singapour qui a pu la faire apparaitre comme inquiétante, le ministère de la santé de l’île s’est montré rassurant en indiquant, dans un communiqué de presse, un risque d’hospitalisation inférieur de 30% avec XBB par rapport à BA.5. Après l’Inde, le variant aurait été également détecté à Tokyo. Hors d’Asie du Sud-Est, XBB est encore détecté de façon sporadique.

 

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