Le virus de la variole du singe mute plus rapidement qu’attendu

Lucy Hicks

Auteurs et déclarations

8 juillet 2022

Lisbonne, Portugal Le virus de la variole du singe évolue 6 à 12 fois plus vite que prévu, selon une nouvelle étude publiée dans Nature Medicine .

Le virus aurait une origine unique, suggèrent les données génétiques, et serait un descendant probable de la souche impliquée dans l'épidémie de monkeypox de 2017-2018 au Nigeria. Il n'est pas clair si ces mutations ont favorisé la transmissibilité du virus entre les personnes ou ont d'autres implications cliniques, a déclaré João Paulo Gomes, PhD, de l'Institut national de la santé du Portugal à Lisbonne, à Medscape Medical News dans un courriel.

Depuis le début de l'épidémie de variole du singe en mai, près de 7000 cas de monkeypox ont été signalés dans 52 pays et territoires. Au 5 juillet, on comptait 560 cas aux États-Unis. Jusqu'à présent, il n'y a eu aucun décès.

Les orthopoxvirus le genre auquel appartient le monkeypox sont de grands virus à ADN qui ne subissent généralement qu'une ou deux mutations par an. (À titre de comparaison, le SARS-CoV-2 gagne environ deux mutations par mois). Selon M. Gomes, on peut s'attendre à cinq à dix mutations dans le virus de la variole du singe de 2022 par rapport à la souche de 2017.

 
Selon M. Gomes, on peut s'attendre à cinq à dix mutations dans le virus de la variole du singe de 2022 par rapport à la souche de 2017.
 

Dans l'étude, Gomes et ses collègues ont analysé 15 séquences d'ADN du virus de la variole du singe mises à disposition par le Portugal et le National Center for Biotechnology Information de Bethesda, dans le Maryland, entre le 20 et le 27 mai 2022. L'analyse a révélé que cette toute dernière souche différait par 50 polymorphismes mononucléotidiques par rapport aux souches précédentes du virus en 2017-2018.

« C'est bien au-delà de ce à quoi nous nous attendions, spécifiquement pour l'orthopoxvirus », a déclaré à Medscape Medical News Andrew Lover, PhD, épidémiologiste à l'école de santé publique et des sciences de la santé de l'Université du Massachusetts Amherst. Il n'a pas été impliqué dans la recherche. « Cela suggère que [le virus] essaie de trouver le meilleur moyen de s'adapter à une nouvelle espèce hôte », a-t-il ajouté.

On pense que les rongeurs sont les hôtes naturels du virus de la variole du singe, a-t-il expliqué, mais en 2022, l'infection a été transmise à l'homme. Le passage à une nouvelle espèce peut "booster" les mutations, car le virus s'adapte à un nouvel environnement biologique », a-t-il expliqué, bien qu'il ne soit pas si facile de savoir si les nouvelles mutations détectées par l'équipe de Gomes aident le virus de 2022 à se propager plus facilement chez les humains.

Les chercheurs ont également découvert que le virus 2022 appartenait au clade 3 du virus, qui fait partie du clade ouest-africain, moins létal. Alors que le clade ouest-africain a un taux de létalité inférieur à 1 %, le clade centrafricain a un taux de létalité supérieur à 10 %.

Les modifications rapides du génome viral pourraient être induites par une famille de protéines dont on pense qu'elles jouent un rôle dans l'immunité antivirale : notamment l'enzyme chargée de l'édition de l'ARNm de l'apolipoprotéine B, de type polypeptide catalytique 3 (APOBEC3). Ces enzymes peuvent apporter des modifications au génome viral, a expliqué M. Gomes, « mais parfois le système n'est pas "bien régulé" et les modifications du génome ne sont pas préjudiciables au virus. » Ces mutations induites par APOBEC3 ont une « signature », a-t-il ajouté, qui a également été détecté dans la plupart des 50 nouvelles mutations identifiées par l'équipe de Gomes.

Cependant, on ne sait pas si ces mutations ont des implications cliniques, a déclaré Lover.

Le virus de la variole du singe 2022 semble se comporter différemment des souches précédentes du virus, a-t-il noté. Dans l'épidémie actuelle, la transmission sexuelle semble être très courante, ce qui n'était pas le cas dans les épidémies précédentes, a-t-il ajouté. De plus, alors que la variole du singe se manifeste traditionnellement par une éruption cutanée qui peut s'étendre à toutes les parties du corps, il y a eu plusieurs cas de patients ne présentant que quelques « lésions très bénignes », a-t-il ajouté.

 
Dans l'épidémie actuelle, la transmission sexuelle semble être très courante, ce qui n'était pas le cas dans les épidémies précédentes.
 

M. Gomes espère que des laboratoires spécialisés seront désormais en mesure de déterminer s'il existe un lien entre les mutations identifiées et les modifications du comportement du virus, notamment en termes de transmissibilité.

Bien qu'aucun des résultats de cette analyse ne soulève de réelles inquiétudes, l'étude « suggère qu'il y a définitivement des lacunes dans nos connaissances sur la variole du singe », a déclaré M. Lover. En ce qui concerne la réponse sanitaire mondiale, il a déclaré : « Nous devrions probablement pécher par excès de prudence. [...] Il y a clairement des choses que nous ne comprenons absolument pas ici, en termes de rapidité d'apparition des mutations ».

Gomes et Lover ne signalent aucune relation financière pertinente.

 

L’article a été publié initialement sur Medscape.fr sous l’intitulé Monkeypox Mutating Faster Than Expected. Traduit par Stéphanie Lavaud.

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