C difficile : inquiétudes face à de nouvelles souches résistantes à la vancomycine

Nancy A. Melville

Auteurs et déclarations

7 avril 2022

Houston, Etats-Unis– Des échantillons provenant de patients aux Etats-Unis et au Kenya révèlent l'émergence de souches de Clostridium difficile résistantes à la vancomycine jusque-là non identifiées, ce qui suscite des inquiétudes sur la possibilité de traiter les infections à C. difficile.

« Nos résultats expliqueraient pourquoi le traitement antibiotique contre les infections à C. difficile est moins efficace ces dernières années : une proportion significative de patients serait porteuse de souches moins, voire pas du tout, sensibles à la vancomycine », indiquent les auteurs d'une nouvelle étude[1]publiée dans Clinical Infectious Diseases . La propagation de souches résistantes « a de sérieuses répercussions de santé publique. Il est urgent d'analyser la situation afin d'orienter les décisions cliniques », ajoutent-ils.

 
Nos résultats expliqueraient pourquoi le traitement antibiotique contre les infections à C. difficile est moins efficace ces dernières années.
 

Invité à commenter les résultats de cette étude à laquelle il n'a pas participé, le Pr Cornelius Clancy (Université de Pittsburgh, Etats-Unis) considère également ces données inquiétantes. « On imagine communément que les souches de C difficile sont sensibles à la vancomycine », indique-t-il à Medscape Medical News. « Mais cette étude montre que ce postulat ne peut plus être considéré comme acquis », nuance-t-il. Il estime qu’il y a dès lors la nécessité d'une surveillance étroite du phénomène de résistance chez C difficile.

Une antibiorésistance de C difficile plus importante

Etant donné que la capacité de C difficile à résister à de nombreux antibiotiques augmente, il y a de moins en moins de médicaments pour traiter les infections, et les récidives de l'infection concernent aujourd'hui jusqu'à 25% des cas. La vancomycine à prise orale est recommandée comme antibiotique de choix pour les cas sévères et non-sévères d'infection à C difficile. Si on connaît en effet neuf clusters génétiques liés à la résistance à la vancomycine,  ils concernent pour la plupart Enterococcus spp, et non C difficile.

Aussi pour avoir une idée plus précise de la prévalence des souches C difficile résistantes à la vancomycine, Charles Darkoh (Université du Texas, Houston, Etats-Unis) et ses collègues ont analysé des échantillons fécaux de patients atteints d'une infection à C difficile . Ces échantillons provenaient de 438 patients de Houston, recueillis entre 2012 et 2017, et 98 de patients de Nairobi (Kenya), recueillis en 2017.

Ils ont découvert que parmi les échantillons des patients de Houston, 26 % n'étaient pas sensibles à la vancomycine et 29 % au métronidazole.

Parmi les échantillons des patients de Nairobi, 67 % présentaient des résistances à la vancomycine et 85% au métronidazole. A noter, la proportion d'échantillons contenant des bactéries C difficile résistantes à la vancomycine est passée d'une « absence totale » en 2012 à environ 35% chez les patients de Houston, indiquent les auteurs.

« Ces taux de non-sensibilité à la vancomycine et au métronidazole dépassent significativement ceux rapportés précédemment par d'autres études menées aux Etats-Unis et en Europe entre 2011 et 2014 », écrivent les auteurs.

Des expériences complémentaires sur des modèles murins infectés avec une souche résistante à la vancomycine ont montré que la vancomycine ne permettait pas d'éliminer l'infection et que la survie à cinq jours était significativement diminuée après un traitement à la vancomycine chez ces souris (25%), en comparaison avec des souches sensibles à la vancomycine (50%).

Des souches génétiques inconnues

Le séquençage génome entier de dix isolats résistants a montré qu'ils ne correspondaient pas aux clusters génétiques jusque-là connus pour être en cause dans la résistance à la vancomycine, ce qui suggère l'émergence de nouveaux clusters. « Pris ensemble, ces résultats suggèrent l'existence d'éléments génétiques inconnus associés à la résistance à la vancomycine dans les isolats circulants dans notre population de patients », écrivent les auteurs.

Charles Darkoh précise à Medscape Medical News que des travaux sur la génétique et les mécanismes en cause sont en projet. « Nous travaillons sur une étude de suivi pour les cinq prochaines années afin d'en savoir plus sur le processus de propagation, notamment », indique-t-il.

Le Pr Clancy souligne aussi que « les résultats sont d'autant plus inquiétants que la plupart des laboratoires ne testent pas en routine la sensibilité aux antibiotiques de C difficile ». « Un autre besoin urgent est de comprendre les mécanismes de résistance. C'est assez étonnant que les souches de cette étude résistantes à la vancomycine ne possèdent pas les gènes vanA. Cela laisse penser qu'il s'agit de mécanismes de résistance inconnus ».  

 
Les souches de cette étude résistantes à la vancomycine ne possèdent pas les gènes vanA. Cela laisse penser qu'il s'agit de mécanismes de résistance inconnus. Pr Cornelius Clancy
 

« La situation a pu s'aggraver parce que les résistances de C difficile étaient à la fois sous-estimées et bien installées dans certains hôpitaux, dans la mesure où le test de sensibilité aux antibiotiques n'est pas forcément réalisé en routine ».

Parmi les traitements alternatifs, le Pr Clancy indique que l'Infectious Diseases Society of America (IDSA) a récemment validé le recours à la fidaxomicine. « Bien sûr, il faudra s'assurer qu'il y ait un suivi des données sur la résistance à la fidaxomicine ».

L'étude a été financée par le National Institutes of Health, le National Institute of Allergy and Infectious Diseases, le Texas Medical Center Digestive Diseases Center, et l'université du Texas. Charles Darkoh n'a pas déclaré de conflit d'intérêt. Le Dr Cesar A. Arias,co-auteur de l'étude, et le Pr Clancy ont rapporté différents liens d'intérêt.

 

L’article a été publié sur medscape.com sous l’intitulé « C Difficile: New Vancomycin-Resistant Strains Raise Concerns ».  Traduit/adapté par Marine Cygler.

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