Alimentation et antibiothérapie : que dit la littérature ?

John Watson

Auteurs et déclarations

23 mars 2022

Les antibiotiques sont prescrits aujourd’hui « larga manu » que ce soit en médecine de ville ou à l’hôpital. Mais face à l’émergence de résistances à l'échelle mondiale, les cliniciens ont pris la mesure de leur responsabilité dans les prescriptions : ils ont adopté une meilleure gestion de l’utilisation de ces molécules. Désormais, ils tentent de limiter – tant que faire se peut – leurs prescriptions aux patients qui en ont un réel besoin.

D’autres pistes pouvant contribuer à lutter contre les résistances sont aussi investiguées. C’est par exemple le cas des interventions diététiques qui visent à minimiser les troubles gastro-intestinaux qui accompagnent si souvent la prise d'antibiotiques : vomissements, nausées, diarrhées, ballonnements/indigestion, douleurs abdominales et perte d'appétit. Ces effets secondaires ne sont pas anodins et peuvent être une voie d’entrée dans un cercle vicieux.

« La survenue d’effets indésirables peut inciter certains patients à suspendre leur traitement. C’est aussi du fait d’une mauvaise tolérance que les choix thérapeutiques peuvent s’orienter vers des antibiotiques de deuxième ou de troisième génération, qui induisent encore plus de résistances bactériennes », explique le Dr Daniel J Merenstein, professeur de médecine générale à l'université de Georgetown (Washington DC), qui a mené plusieurs essais sur la prescription des antibiotiques et les probiotiques.

Et il n'y a pas que les cliniciens qui aimeraient trouver un moyen d’éviter les effets secondaires digestifs des antibiotiques. Sur Internet, les patients tentent de s’informer sur l’intérêt des suppléments probiotiques adaptés et sur certains aliments fermentés ou riches en fibres qui peuvent prévenir les complications gastro-intestinales de la prise d’antibiotiques.

Reste à bien analyser si cette option thérapeutique est suffisamment étayée par des preuves sous la forme de recherche clinique bien conduite. Medscape a interrogé plusieurs investigateurs, certains convaincus de l'intervention diététique, d'autres plus sceptiques sur le sujet.

Le coût des troubles digestifs

Selon Gail Cresci (PhD, chercheuse en microbiologie au département de gastroentérologie, hépatologie et nutrition pédiatriques et directrice de la recherche en nutrition à la Cleveland Clinic), il est encore difficile de déterminer avec précision le lien entre antibiotiques et troubles gastro-intestinaux. « Les dysfonctions digestives pourraient être de différents ordres », a-t-elle déclaré à Medscape. « À l’état physiologique, il existe une balance microbienne digestive en équilibre. Mais la prescription d’antibiotiques peut perturber ce schéma et laisser le champ libre à la prolifération de certains pathogènes. »

Selon Lynne V. McFarland (PhD, épidémiologiste spécialisée dans les maladies infectieuses), les complications digestives des prescriptions d’antibiotiques pèsent bien sûr sur la santé des patients mais aussi plus généralement sur le système de santé dans sa globalité. « Un patient qui souffre de diarrhées induites par les antibiotiques peut voir sa durée de séjour hospitalier augmenter de 8 à 20 jours, avec comme conséquence une majoration du coût des soins. Chez les petits enfants, on observe des déshydratations pouvant mettre en jeu le pronostic vital à la suite de la prescription de représentants de cette famille de molécules ».

Partisans des probiotiques

Plusieurs chercheurs interrogés par Medscape estiment qu'il existe des preuves convaincantes de l'intérêt des probiotiques dans le traitement des troubles gastro-intestinaux les plus habituels secondaires à la prescription d’antibiotiques. Ils ont bien souvent eux-mêmes été impliqués dans des études menées dans ce domaine.

Au cours des quatre décennies de sa carrière de recherche sur les probiotiques, Lynne McFarland a participé aux premières études animales avec des souches telles que Saccharomyces boulardii. Elle a aussi été impliquée dans les méta-analyses précisant leur rôle dans les colites à Clostridium difficile . Elle a également travaillé sur l’hypothèse d’une intervention digestive préventive des infections à SRAS-CoV-2.

Dans des études sur des modèles de souris menées en 2013 et 2018, Cresci et coll. ont montré que des souches probiotiques telles que Lactobacillus GG et Faecalibacterium prausnitzii limitent les modifications structurelles intestinales qui induisent les diarrhées associées aux antibiotiques. De ce fait, ces probiotiques permetraient de minimiser le risque d'infection à Clostridium difficile.

Dans un essai contrôlé randomisé réalisé en 2021 sous la direction de Merenstein, des participants en bonne santé ont été traités par l’association amoxicilline/acide clavulanique (pendant 7 jours) en consommant soit un yaourt contenant le probiotique Bifidobacterium animalis subsp lactis BB-12, soit un yaourt témoin (quotidiennement pendant 14 jours). Des échantillons de selles ont été recueillis sur une période de 30 jours et ont été analysés. La concentration en acides gras à chaîne courte était significativement plus faible chez les personnes ayant consommé des yaourts contenant le probiotique analysé. Le profil taxonomique du microbiote de ces personnes était aussi plus stable que celui des témoins.

Fort de ce résultat et de ceux d’autres études qui vont dans le même sens, le Dr Merenstein estime que l’intérêt des probiotiques est réel dans la prévention des troubles gastro-intestinaux liés à la prescription d’antibiotiques. « Je pense que si vous prescrivez des antibiotiques ― en particulier pour une durée supérieure à 7 jours ―  vous devez y associer les probiotiques qui ont fait l’objet d’études cliniques, tout simplement parce que les preuves d’efficacité sont suffisamment solides désormais », a-t-il déclaré.

Même les partisans émettent des mises en garde

Tous les chercheurs qui recommandent l'utilisation de probiotiques restent néanmoins prudents. D'abord et avant tout, ils rappellent aux cliniciens que le terme "probiotiques" est un fourre-tout imprécis et qu'il est donc dénué d’un sens univoque.

 
Le terme "probiotiques" est un fourre-tout imprécis et donc dénué d’un sens univoque.
 

« De nombreux produits sont qualifiés de probiotiques par leurs fabricants. C'est un choix de marketing. Mais beaucoup de ces produits ne sont pas vraiment des probiotiques. Leur activité clinique n’a pas été prouvée par des essais contrôlés et randomisés, et l’allégation utilisée n’a pas de fondement scientifique », explique Lynne McFarland. « Nous avons constaté que l'efficacité est extrêmement dépendante à la fois de la souche et de la pathologie. Une souche peut en effet être dotée d’un effet spécifique contre une pathologie et être inefficace dans d’autres circonstances cliniques. »

En 2018, Lynne McFarland a coécrit un guide pratique fondé sur les preuves afin d’aider les cliniciens et les patients à identifier les souches spécifiques de probiotiques à utiliser selon les indications recherchées. Alberto Cresci recommande aux cliniciens de consulter des sites Web tels que Probiotics.org ou la base de données des National Institutes of Health afin de trouver les souches dont l'efficacité a été prouvée dans des essais cliniques bien menés. À ce jour, et comme en conviennent les spécialistes dans le domaine, les données les plus robustes concernent les probiotiques dans le traitement de la diarrhée associée aux antibiotiques.

 
Les données les plus robustes concernent les probiotiques dans le traitement de la diarrhée associée aux antibiotiques.
 

Quand proposer un traitement par probiotiques ?

Quand doit-on proposer un traitement par probiotiques ? La question fait débat. Mais la plupart des partisans s'accordent à dire que la règle du "le plus tôt sera le mieux" doit prévaloir.

Lynne McFarland recommande d’introduire les probiotiques dans les 24 heures suivant le début de la prise d'un antibiotique « car les dommages causés au microbiome du tube digestif sont assez rapides, et les probiotiques sont plus efficaces s'ils sont administrés avant que des perturbations majeures ne se produisent ». Elle ajoute que les patients doivent continuer à prendre des probiotiques pendant 2 à 8 semaines après l'arrêt des antibiotiques.

« Il faut beaucoup de temps pour que votre flore normale revienne à son état de base. Prévenir les complications est essentiel », explique-t-elle.

Pour les autres, le niveau de preuve n’est pas encore suffisant

Les avis sur l'intérêt des probiotiques pour lutter contre les effets secondaires gastro-intestinaux des traitements antibiotiques restent encore assez divergents.

« À ce jour, je ne recommanderais pas l'utilisation systématique des probiotiques, et certainement pas dans la prévention du Clostridium difficile ou de la diarrhée liée aux antibiotiques », a déclaré le Dr David A Johnson, professeur de médecine et chef du service de gastroentérologie à l'Eastern Virginia Medical School, qui est également un collaborateur de Medscape. « Je pense que le niveau de preuve actuellement disponible n’est pas suffisant dans ce domaine. Je maintiens donc fermement ma recommandation de ne pas proposer des probiotiques dans ces situations cliniques ».

 
À ce jour, je ne recommanderais pas l'utilisation systématique des probiotiques, et certainement pas dans la prévention du C. difficile. Dr Johnson
 

Le Dr Johnson s’appuie sur les recommandations 2020 de l'Association américaine de gastroentérologie (AGA), qui ne concluent qu’à une recommandation conditionnelle de l'utilisation de certains probiotiques spécifiques et uniquement dans la prévention des infections à C. difficile associées aux antibiotiques.

Le Dr Geoffrey A Preidis (professeur associé de pédiatrie dans le service de gastroentérologie, d'hépatologie et de nutrition du Baylor College of Medicine à Houston, É.-U.), co-auteur des recommandations de l'AGA, a procédé à l’analyse de 39 essais publiés portant sur environ 10 000 patients recevant des probiotiques en même temps que des antibiotiques. Il s’est accordé avec les autres co-auteurs des recommandations pour préciser qu’ils « ont trouvé des études allant dans le sens d’une réduction du risque de diarrhée due au C. difficile chez les patients sous antibiotiques et recevant certains probiotiques spécifiques, mais que la qualité de ces preuves était faible ».

Pourquoi un niveau insuffisant de preuve ? Pour le Dr Preidis ce constat est lié à l'absence d'essais multicentriques bien conçus qui auraient pu permettre de préciser les effets de certaines souches et de déterminer leur utilité dans les indications analysées. « La majorité des essais publiés n'ont pas rapporté les données de sécurité aussi rigoureuses que celles exigées dans les essais pharmaceutiques. Le risque d'effets secondaires pourrait donc être plus important que celui qui est anticipé », a-t-il déclaré. « Les probiotiques sont des organismes microbiens vivants qui pourraient passer la barrière digestive puis hémato-intestinale et être à l’origine de septicémies. Des cas de contamination dans le processus de fabrication ont été signalés. Il pourrait aussi survenir d'autres effets à long terme que nous n’avons pas encore appréhendés. »

Lorsqu'on lui demande de caractériser les données disponibles sur les probiotiques, le Dr Johnson répond : « Je dirais attention au risque d’erreur. »

Lynne McFarland convient que ce domaine de recherche bénéficierait nettement d'études mieux conçues. Elle s’inquiète aussi de la mise en avant de méta-analyses regroupant les résultats obtenus avec différentes souches. « Lorsque des chercheurs appliquent cette méthodologie, l'étude est sujette à caution et ne devrait pas être publiée, à mon avis », a-t-elle déclaré à Medscape.

Les « régimes antibiotiques », une approche à confirmer

Comment mettre les deux camps d’accord ? Le régime dit "adapté aux antibiotiques" pourrait être une solution. L’idée est simple : consommer régulièrement des aliments et des boissons ayant des propriétés favorisant le microbiome peut constituer une intervention sans risque dans le but de prévenir ou atténuer les effets secondaires liés aux antibiotiques.

« Vous souhaitez que votre régime alimentaire fasse la part belle aux fibres solubles pour aider à maintenir une quantité souhaitable de ‘’bonnes bactéries intestinales’’, en particulier lorsque vous prenez des antibiotiques ? », demande le Dr Cresci. « Vous pouvez parvenir à cela en mangeant des fruits et légumes frais, des céréales complètes et y associer les aliments qui contiennent des quantités importantes de prébiotiques. Vous pouvez également choisir de manger des aliments fermentés, comme le kéfir, le kombucha, le kimchi et le yaourt afin que votre tractus intestinal contienne davantage de ‘’bonnes bactéries’’. »

De nombreux travaux sur l’intérêt de tels aliments pour stimuler la diversité du microbiome et diminuer l'inflammation existent. C’est le cas par exemple d’une étude de juillet 2021 publiée dans la revue Cell. Cependant, la question de l’intérêt de cette diversification du microbiome dans la prévention des effets secondaires des antibiotiques reste posée. Il est d’autant plus complexe d’obtenir des réponses définitives à ces questions que les études menées sur les probiotiques sont faites sous le sceau de la législation sur les études alimentaires et non pharmaceutiques.

Le Dr Merenstein explique qu'il n'y a pas de preuve irréfutable que les complications liées aux antibiotiques peuvent être prévenues en modifiant le contenu de nos assiettes. Il ironise : « Nous ne pouvons pas dire aux patients : "Voici de l'amoxicilline pour votre otite, c’est à vous maintenant de vous assurer d'augmenter votre consommation en aliments fermentés, en fibres et en eau". »

Pour le Dr Johnson, les études sur les prébiotiques ― et les fibres qui stimulent les bactéries bénéfiques dans le système gastro-intestinal ― ont éveillé sa curiosité. « J’adorerais en savoir plus sur l'identification des prébiotiques, autrement dit je souhaiterais être mieux informé sur les moyens sains de garder une flore intestinale équilibrée alors même qu’elle pourrait être modifiée par la prise d’antibiotiques », a-t-il déclaré. « Nous n'en sommes tout simplement pas encore là ». Il ajoute qu'il recommande généralement aux patients sous antibiotiques de suivre « un régime ordinaire, en évitant les aliments mal tolérés dans le passé ». Si les patients consomment déjà des aliments reconnus pour leur capacité à stimuler le microbiome, le Dr Johnson voit « très peu d'inconvénients à poursuivre cette pratique [sous antibiotiques] ». Cependant, il note que la période de prise d'antibiotiques n'est pas idéale pour tester de nouveaux aliments, étant donné le manque de connaissances sur la réactivité des bactéries intestinales.

 
La période de prise d'antibiotiques n'est pas idéale pour tester de nouveaux aliments.
 

Les aliments à éviter sous antibiothérapie

Certains aliments doivent être évités pendant la prise d'antibiotiques. Les données scientifiques dans ce domaine correspondent généralement aux connaissances diététiques empiriques. De nombreux patients savent qu'il ne faut pas boire de jus de pamplemousse avec certains médicaments, mais il est bon de le leur rappeler. Certains antibiotiques peuvent également nécessiter d’éviter certains produits laitiers. Bien sûr, cette recommandation ne s'applique pas à la consommation de yaourts.

Une alimentation pauvre en fibres peut majorer les modifications du microbiote après la prise d'antibiotiques. Dans une étude publiée en 2020, les chercheurs ont conclu que la susceptibilité à une maladie intestinale préinflammatoire des personnes suivant un régime riche en graisses et utilisant des antibiotiques était majorée d’un facteur 8,6 par rapport à celle des personnes consommant des aliments pauvres en graisses et n’ayant pas reçu d'antibiotiques. Les données relatives au modèle de souris utilisé dans la même étude indiquent qu'une mauvaise alimentation et des antibiotiques peuvent se potentialiser pour réduire l'oxygène dans l'intestin.

Lynne McFarland explique que la constitution d'un microbiome sain est la quête de toute une vie et que plusieurs facteurs qui influent sur les bactéries intestinales (environnementaux ou génétiques par exemple) ne peuvent pas être modifiés. Dans un contexte sociétal d’immédiateté ― et ironiquement, c'est l'une des principales raisons pour lesquelles le grand public demande et se voit prescrire des antibiotiques alors qu'ils ne sont pas indiqués ― la quête du graal intestinal n'est probablement pas à la portée de tous sans délai. « Malheureusement, il n’est pas possible de consommer un aliment unique (une salade, par exemple) et avoir immédiatement un équilibre intestinal en faveur des ‘’bonnes bactéries’’. »

 

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