France— Depuis le 18 février 2022, un recombinant Delta/Omicron (auquel aucun nom de lignage n’a encore été assigné) fait l’objet d’un suivi renforcé par Santé publique France et le CNR Virus des infections respiratoires, indique SPF dans un point en date du 3 mars[1].
Jusque-là, plusieurs détections de recombinants s’étaient révélées être de fausses alarmes. Notamment en 2021, lorsqu’un recombinant entre le VOC Alpha et le VOC Delta avait été identifié au Japon et un recombinant Beta/Delta en Chine[2,3].
Aussi, début janvier 2022, une équipe chypriote affirmait avoir détecté 25 cas de recombinant Delta/Omicron qui avait été dénommé Deltacron. Cependant, l'existence de ce variant n’avait pas été confirmée. L’hypothèse de contaminations d'échantillons de patients contenant des variants Delta avec des prélèvements contenant des variants Omicron avait été évoquée.
Par la suite, plusieurs suspicions de recombinants Delta/Omicron ont été rapportées au Royaume-Uni, aux Etats-Unis et en Australie, alors que d’autres sont en cours d’investigation.
Le vendredi 11 février, l’agence sanitaire britannique a indiqué avoir détecté un premier cas d'infection hybride. Outre-Manche, le variant, a été appelé « Delta x Omicron recombinant ». Il fait désormais partie de la liste des variants « sous surveillance » des autorités britanniques.
En France, un suivi renforcé des co-infections Delta/Omicron a été mis en place afin de détecter au plus tôt les possibles recombinants. Les prélèvements ayant un résultat de criblage C1D1 (présence de la mutation L452R associée à Delta, et d’une des mutations D associées à Omicron), qui sont donc des suspicions de co-infection, font l’objet d’un séquençage systématique.
Restait cependant à s’assurer que les cas observés n’étaient pas la résultante d’une contamination d’échantillons en laboratoire ou d’une co-infection par les deux variants au sein du même patient.
En France, au 21 février, 59 co-infections Delta/Omicron probables avaient été identifiées en France à partir de la base de données EMERGEN. Mais au final, au 2 mars, ce sont 18 vrais recombinants qui ont été détectés en France, dont 13 au cours d’enquêtes Flash.
Après analyse de cas suspects en France, SPF et le CNR ont décrit sa séquence.
La majorité de son génome correspond au variant Delta (sous-lignage AY.4), mais une large portion du gène S (codant pour la protéine Spike) correspond au variant Omicron (sous-lignage BA.1).
Pourquoi l’apparition d’un tel variant ?
Dans son analyse de risque variants du 23/02/2022[4], SPF rappelle que lors de la co-infection d’un individu par deux variants différents, une nouvelle souche, dont le génome est une mosaïque des deux variants initiaux, peut émerger.
Elle souligne que ce phénomène de recombinaison est fréquent chez le SARS-CoV-2. Une étude américaine réalisée sur 1,6 millions de génomes du SARS-CoV-2 a identifié 2,7% de recombinants[5]. Cependant, « avant l’émergence d’Omicron, très peu d’évènements de recombinaison entre deux variants du SARS-CoV-2 ont été rapportés, car la proximité génétique entre les virus circulants rendait la détection de recombinants impossible ».
La donne a changé entre décembre 2021 et janvier 2022, avec la co-circulation importante de Delta et Omicron, moins proches génétiquement, ce qui a augmenté la probabilité d’émergence et de détection de recombinants.
Faut-il s’inquiéter ?
La détection au cours d’enquêtes Flash et la dispersion géographique des cas peuvent laisser penser que ce recombinant circule potentiellement déjà à des niveaux très bas depuis la mi-janvier, indique SPF.
« Ces recombinants font l’objet d’une surveillance renforcée, car ils constituent des évènements évolutifs majeurs. Il est difficile de prédire quelles seront leurs caractéristiques par rapport aux variants dont ils sont issus, et donc leur impact en santé publique en cas de circulation dans la population », conclut SPF.
Une demande d’assignation d’un lignage spécifique a été faite.
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Citer cet article: Un variant recombinant Delta/Omicron circule à bas bruit en France - Medscape - 8 mars 2022.
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