Royaume-Uni – Les dernières données de l'Agence britannique de sécurité sanitaire (UKHSA) suggèrent que la souche BA.2 d'Omicron pourrait être encore plus transmissible que le variant originel. Mais la bonne nouvelle est que les vaccins actuels semblent offrir le même niveau de protection contre la maladie symptomatique.
Selon le dernier briefing technique de l'agence sur les nouveaux variants du SARS-CoV-2, un total de 1072 cas confirmés génomiquement de BA.2 ont été identifiés en Angleterre au 24 janvier 2022, avec le plus grand nombre à Londres (34%) et dans le Sud-Est (26,5%). En France, BA.2 est très peu détecté (0,3% lors de l’enquête Flash du 03/01 pour 68% de BA.1, 1% lors de l’enquête Flash du 10/01 pour 94% de BA.1), selon Santé Publique France.
En raison du nombre relativement faible de cas confirmés, l'UKHSA prévient que toute conclusion est provisoire. Mais les premières analyses suggèrent un taux de croissance accru par rapport à BA.1.
Le Pr Jonathan Ball, professeur de virologie moléculaire à l'Université de Nottingham, a déclaré: « Il est encore tôt, mais les preuves disponibles jusqu’à présent suggèrent que BA.2 pourrait être plus transmissible que son proche parent Omicron. Cependant, les questions clés sont de savoir si ce variant est associé à une maladie plus grave et si elle peut échapper à l'immunité délivrée par les vaccins. »
« Les premiers indicateurs suggèrent que les vaccins fourniront des niveaux de protection similaires à ceux que nous avons vus pour Omicron, c'est donc une bonne nouvelle. Qu'il cause ou non une maladie plus grave deviendra évident à mesure que davantage de données seront collectées. »
En quoi BA.2 diffère-t-il d'Omicron (BA.1) ?
BA.2 est un sous-variant de la souche originale BA.1 Omicron SARS-CoV-2 actuellement dominante au Royaume-Uni et dans le monde. Il partage bon nombre des mêmes mutations que la souche dont il dérive, mais avec 28 autres mutations inédites chez le sous-variant.
Le nouveau sous-variant a été détecté pour la première fois dans des séquences génomiques des Philippines en novembre 2021. Depuis lors, il a été retrouvé dans au moins 40 pays dans le monde et est déjà devenu la souche dominante du SARS-CoV-2 au Danemark.
Mais, il faut souligner que si le variant BA.1 original était relativement facile à traquer à cause de sa délétion dans la séquence correspondant à la protéine de pointe (H69/V70), laquelle fournissait une cible pratique pour les tests. BA.2, lui, ne contient pas cette mutation. Cela signifie qu'il est impossible de distinguer rapidement BA.2 des autres variants de Covid-19 à l'aide de tests PCR. Pour BA.2, la surveillance nécessite un séquençage génomique supplémentaire.
BA.2 est-il plus transmissible ?
Les derniers chiffres de l'agence britannique UKHSA suggèrent que BA.2 aurait un taux de croissance accru par rapport à BA.1 dans toutes les régions d'Angleterre où il y a suffisamment de cas pour l'évaluer.
L'analyse des données de recherche des contacts eu RU suggère que la transmission est également plus élevée au sein du cercle familial pour les cas BA.2 (13,4%) par rapport aux autres variants Omicron (10,3%). Des données qui corroborent les premières analyses danoises (39 % d’infections à partir d’un premier cas dans les ménages infectés par BA.2, contre 29 % dans les ménages infectés par BA.1).
Les vaccins actuels sont-ils efficaces contre BA.2 ?
Une analyse préliminaire des chercheurs britanniques suggère que les vaccins actuels sont toujours efficaces contre les maladies symptomatiques consécutives à une infection par BA.2.
L'efficacité du vaccin a été analysée dans une étude cas-témoins combinant tous les vaccins. Après deux doses d'un vaccin, l'efficacité de la prévention de la maladie symptomatique était de 9 % (IC à 95 % : 7 % à 10 %) pour BA.1 contre 13 % (IC à 95 % : 26 % à 40 %) pour BA.2.
Après un troisième vaccin, l'efficacité est passée à 63 % (IC à 95 % : 63 % à 64 %) pour BA.1 et à 70 % (IC à 95 % : 58 % à 79 %) pour BA.2.
L’Agence anglaise n’a pas regardé, en revanche, si une infection antérieure à Omicron conférait une immunité contre le nouveau sous-variant ; plus de données provenant de cas séquencés seront nécessaires pour répondre à cette question.
Cependant, le Pr François Balloux, directeur de l'Institut de génétique de l'UCL, souligne : « Seule une minorité des quelque 20 mutations distinguant BA.1 de BA.2 se situent dans des régions du génome importantes pour la reconnaissance immunitaire des anticorps. Cela laisse supposer que l'infection par l'une ou l'autre des sous-lignées devrait fournir une immunité robuste contre chacune des autres sous-lignées. »
D'autres données sont attendues au cours des prochaines semaines.
Le Pr Ball reste optimiste : « Bien sûr, il est important de continuer à surveiller la situation et d'essayer de mieux comprendre le comportement de ce variant, mais jusqu'à présent, rien dans ces premières analyses ne nous inquiète outre mesure. »
Crédit image : Santé Publique France
L’article a été publié initialement sous le titre « Omicron Sub-Variant BA.2: What We Know So Far». Traduit et adapté par Stéphanie Lavaud.
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Crédit photo de Une : Dreamstime
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Citer cet article: Sous-variant Omicron BA.2 : que sait-on à ce stade ? - Medscape - 3 févr 2022.
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