Johannesburg, Afrique du Sud (Reuters) – Comment a été découvert le nouveau variant Omicron qui pourrait avoir des conséquences importantes sur la pandémie au niveau mondial ? Les chercheurs sud-africains racontent leur surprise lorsqu'ils ont vu apparaitre des mutations inédites, ainsi que les réactions haineuses qu’ ils ont dû affronter pour avoir fait preuve de transparence.
Des bizarreries dans des échantillons
Le vendredi 19 novembre, Raquel Viana, responsable scientifique de l'un des plus grands laboratoires d’analyse privés d'Afrique du Sud, a procédé au séquençage des gènes sur huit échantillons de coronavirus – et a eu le choc de sa vie.
Les échantillons, testés au laboratoire (Lancet Laboratories), portaient tous un grand nombre de mutations, notamment sur la protéine Spike que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules humaines.
« J'ai été assez bouleversée par ce que je voyais. Je me suis demandée si quelque chose s'était mal passé dans le process », a-t-elle déclaré à Reuters, une pensée qui a rapidement cédé la place au « sentiment plus sombre que les échantillons allaient avoir d'énormes conséquences ».
Elle a rapidement décroché le téléphone pour appeler son collègue de l'Institut national des maladies transmissibles (NICD) de Johannesburg, le séquenceur de gènes Daniel Amoako.
« Je ne savais pas trop comment leur expliquer », se souvient-elle. Elle a annoncé à Daniel Amoako: « Pour moi, cela ressemble à une nouvelle lignée. »
La découverte du variant Omicron en Afrique australe a provoqué une alerte au niveau mondial – les pays limitant les voyages depuis la région et imposant d'autres restrictions de peur qu'il ne se propage rapidement même dans les populations vaccinées.
Daniel Amoako et l'équipe du NICD ont passé le week-end du 20 au 21 novembre à tester les huit échantillons que Viana leur a envoyés, qui présentaient tous les mêmes mutations, a-t-il déclaré mardi à Reuters.
C'était tellement étrange qu'Amoako, sa collègue Josie Everatt et d'autres collègues ont également considéré que cela devait être une erreur. Puis ils se sont souvenus qu'au cours de la semaine, ils avaient remarqué une forte augmentation des cas de Covid-19, compatible avec l’émergence d’un nouveau mutant.
En outre, Raquel Viana avait été alertée d'une bizarrerie dans un échantillon au début du mois par un collègue – un « abandon du gène S » dans les tests PCR, résultant d'une mutation par délétion du virus – l'une des mutations qui distingue désormais le nouvel variant Omicron du variant Delta, dominant à l'échelle mondiale.
Le seul variant commun avec cette suppression particulière était le Alpha, « et nous n'avions pas vu de Alpha (en Afrique du Sud) depuis août », se souvient Josie Everatt, alors même qu'ils testaient les échantillons.
Le mardi 23 novembre, après en avoir testé 32 autres en provenance des environs de Johannesburg et de Pretoria, les choses « étaient claires », a déclaré Daniel Amoako et « c'était effrayant. »
Questions brûlantes
Le même mardi, l'équipe du NICD a informé le ministère de la Santé et d'autres laboratoires d'Afrique du Sud réalisant du séquençage, lesquels se sont mis à trouver des résultats similaires.
Le même jour, le NICD a saisi les données dans la base de données scientifique mondiale GISAID et a découvert que le Botswana et Hong Kong avaient également signalé des cas avec la même séquence génétique.
Le 24 novembre, les responsables du NICD et le département ont informé l'Organisation mondiale de la santé.
À ce stade, a déclaré Raquel Viana, plus des deux tiers des tests positifs à Gauteng, la province sud-africaine qui comprend Pretoria et Johannesburg, montraient l'abandon du gène S – un signe qu'Omicron devenait déjà dominant.
Du fait d’Omicron, le taux d'infection quotidien au Covid-19 en Afrique du Sud devrait quadrupler pour atteindre plus de 10 000 d'ici la fin de cette semaine, a déclaré lundi l'un des principaux spécialistes des maladies infectieuses du pays, Salim Abdool Karim.
Les réponses à des questions cruciales – dans quelle mesure ce nouveau variant est-il capable d’échappement immunitaire vis-à-vis des vaccins ou des infections antérieures, quelle est la gravité des symptômes par rapport aux versions précédentes et en quoi cela différera-t-il selon les groupes d'âge – sont en suspens.
Interrogés par Reuters, trois scientifiques qui travaillent sur ces questions attendent des réponses dans environ 3 à 4 semaines.
Colère contre les scientifiques
En attendant, le président sud-africain Cyril Ramaphosa envisage d'introduire la vaccination obligatoire sous certaines conditions, le pays étant encore sous le choc des 3 millions d'infections au Covid-19 pendant la pandémie et de plus de 89 000 décès.
Il faut savoir que beaucoup en Afrique du Sud ont exprimé de la colère contre les interdictions de voyage à l'étranger – certaines de ces colères étaient dirigées contre les scientifiques. Daniel Amoako a ainsi reçu des messages disant que lui et ses collègues devraient simplement « arrêter de chercher » de nouveaux variants.
Wolfgang Preiser, virologue à l'Université de Stellenbosch et travaillant sur le Covid-19, a également reçu des courriers haineux et craint que toute cette affaire ne fasse de l’ombre à l’effort de transparence en science.
« Tout cela est susceptible d’encourager d'autres pays à cacher des choses, voire à ne pas chercher », a-t-il déclaré.
« C'est une question de peur. Rechercher représente tout un investissement, alors peut-être qu'ils concluront, 'ne nous embêtons pas'. »
Cet article a été publié initialement sur Medscape.com sous le titre How South African Scientists Spotted the Omicron COVID Variant. Traduit par Stéphanie Lavaud.
Crédit photo : Dreamstime
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Citer cet article: La surprise des chercheurs sud-africains face à la découverte du variant Omicron : récit - Medscape - 9 déc 2021.
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