Le Dr Colas Tcherakian, pneumologue à l'hôpital Foch, explique les mécanismes de propagation des variants et notamment du Delta, mais aussi les pistes pour y faire face : « Ne sous-estimez pas le virus, mais ne sous-estimez pas, non plus, les humains », insiste-t-il.
TRANSCRIPTION
"Je voudrais faire un point en ce début d’été sur le fameux variant Delta pour savoir s’il va nous gâcher notre été et si l’expansion va continuer malgré la vaccination, avec un vrai questionnement sur l’efficacité de la vaccination vis-à-vis de ce variant particulier.
Il est vrai que quand on regarde la répartition des cas dans le monde on est aujourd’hui à 4 millions de décès versus 3,5 milliards de doses de vaccin distribuées.
Pourtant, quand on regarde la courbe d’augmentation de cas dans le monde, on a le sentiment que malgré tout ce qu’on fait, l’épidémie continue et les courbes de décès suivent la même pente. Cela donne l’impression que quoi qu’on fasse, l’épidémie avance inexorablement. Et ce variant Delta, qui explose partout dans le monde, donne aussi l’impression que nous n’avons pas les bonnes armes pour lutter. Nous allons voir ensemble que c’est faux.
Comment passe-t-on de variant of interest à variant of concern ?
Vous savez que l’OMS classe maintenant les différents variants selon une classification sous forme de VUI/VOI/VOC, donc le variant of interest, qui est la 2e étape avant d’arriver au VOC, qui est le top de la catastrophe en termes de variants, qui est variant of concern, et qui vraiment nous pose des soucis. Comment passe-t-on de l’un à l’autre ? Pour arriver à être un VOC, il faut que la virulence du virus soit augmentée, ou la transmissibilité soit augmentée, que cela donne des tableaux un peu plus caractéristiques ou un peu différents et, surtout, que cela interfère avec la vaccination et/ou les traitements. Et récemment on a fait passer le variant indien, rebaptisé aujourd’hui variant Delta, de VOI à VOC. Effectivement, on arrête la description par origine géographique pour revenir à la mutation elle-même – pourquoi ? Parce qu’en réalité, la mutation est ce qui donne la caractéristique du virus et, en général, il y a une mutation prépondérante – il y a souvent une somme de mutations – qui va favoriser l’échappement au système immunitaire pour certains et l’augmentation de transmissibilité pour d’autres. Maintenant on vous rendra les mutations sous forme de E484K, donc cela fait partie des trois mutations qu’on donne quand vous avez une mutation E484K sur un prélèvement, soit un sud-africain, soit un brésilien (variant P1), soit un variant anglais qui porte cette mutation, et qui est extrêmement dangereux, soit le variant qu’on avait décrit déjà à New York au début de la première épidémie – ce sont des mutations que l’on connaît et qui ont entre autres comme effet le risque de réinfection chez les gens qui l’ont déjà eue une fois. Et puis deux autres mutations sont également rendues, dont la L452R qui est cette fameuse mutation associée au variant Delta, et la mutation E484Q qui est rendue à ce moment-là avec le variant indien (dit κ). Et aujourd’hui, globalement, on a très peu de variant californien qui circule, c’est essentiellement le variant indien ; donc on considère que la mutation L452R représente la présence du variant Delta, aujourd’hui.
Le danger des variants
Qu’est-ce qui pose souci concernant ces variants ? C’est l’explosion de ces infections, même dans les zones où les gens ont été vaccinés, puisqu’il y a des cas qui ont été rapportés dans le Royaume-Uni et en Israël. Donc, on s’est dit "Oh là là ! Est-ce qu’on ne se retrouve pas face à un variant résistant à la vaccination ?". Et des épidémies qui sont en train de se produire aux États-Unis avec une part, au fur à mesure du temps, de plus en plus importante du variant Delta. En France, on se retrouve dans la même conformation – aujourd’hui il y a 80 % à peu près de variant Delta qui circule, demain ce sera forcément plus. Et aujourd’hui il n’est pas très intéressant de savoir quel est le pourcentage de variant Delta, car demain on arrivera à 100 %, puisque c’est le variant le plus infectieux et qu’il est capable d’échapper en partie au système immunitaire. Il va forcément prendre la totalité de la place comme l’Alpha l’avait fait avant lui. Aujourd’hui, ce qui donc compte, ce n’est pas le pourcentage mais le nombre de cas dans l’absolu qui nous définira le passage à l’épidémie. Parce que ce variant Delta, vous l’avez bien compris, il est plus infectieux que les autres.
Sur la courbe d’infectiosité rapportée au temps, on voit qu’il est plus fort que tous ses copains : les variants Bêta et Alpha sont coiffés au poteau en termes d’infectiosité. Et c’est vrai qu’au fur et à mesure des mutations de sélection, on trouve des formes de plus en plus infectieuses. Avant, vous aviez la forme « originelle » et en Europe, déjà, nous avions un variant, le D614G, qui était plus infectieux que le virus d’origine. Mais comme nous l’avons toujours connu, on a finalement considéré que c’était la base pour nous. Avec l’arrivée de l’Alpha anglais, on avait encore gagné en infectiosité et on a commencé à voir des contaminations chez les enfants alors qu’on n’en voyait pas auparavant. Maintenant, le Delta est une fois et demie plus contagieux que l’anglais. Donc cette contagiosité ne cesse d’aller crescendo et cela va avoir des retentissements fondamentaux. Et en premier lieu, c’était le variant sud-africain qui était porteur d’une mutation qui permettait aussi l’échappement, en partie, à la vaccination, qui s’installait tranquillement et qui a complètement été couvert rapidement par le variant Delta qui lui aussi échappe, mais a en plus cette capacité d’infectiosité supérieure. Le variant sud-africain s’est vite éteint et le variant Delta a pris toute la place, en particulier dans un pays vacciné où l’Alpha, pour le coup, n’est pas du tout capable de se propager chez les vaccinés.
Doit-on s'inquiéter ?
Pourquoi est-on inquiet ? Parce que cette protéine S, qui est la clé d’entrée dans la cellule et qui se fixe au récepteur RBD, est mutée et donc elle est moins bien reconnue par les anticorps fabriqués, que ce soit après une vaccination ou simplement des anticorps naturels après une infection, ou même des anticorps qu’on vous injecte – plasma de convalescent – ou même des anticorps monoclonaux qui sont fabriqués par l’homme. On va voir que ce n’est pas pour autant qu’il faut paniquer et vous avez aussi une mutation de gain d’affinité qui explique cette transmissibilité supérieure.
C’est vrai que quand on regarde ces courbes, on est un peu inquiet, parce que pour arriver à neutraliser l’entrée du virus dans une cellule, il faut globalement sept fois plus d’anticorps que pour notre virus traditionnel qu’on avait jusque-là. Et donc on a le sentiment qu’il faut se protéger plus fort et peut être que la vaccination n’est pas capable d’apporter ce niveau de production d’anticorps. Quand on regarde les chiffres d’infectiosité, effectivement il apparaît quelque chose on n’avait pas vu jusque-là, qui est une baisse de la protection vaccinale et en particulier à la première dose où on voit divisée par 2 la protection contre les infections. Et c’est ce qui a effectivement un peu affolé la population en disant « le vaccin n’est pas protecteur. » Attention – vous verrez quand même qu’à la deuxième dose cette protection est multipliée par 2 pour le Vaxzevria et même augmente jusqu’à 88 % pour le COMIRNATY. Donc ce n’est pas du tout sans effet et on va voir que non – cela a même un effet fortement protecteur contre l’infection. C’est juste l’effet première dose qui est très altéré en termes de protection, probablement parce que le virus est plus infectant.
Ne pas confondre infection et maladie
Deuxième élément auquel il faut faire très attention : il ne faut pas confondre infection et maladie. En effet, c’est vrai que le but est qu’il n’y ait plus du tout de circulation du virus et donc que vous ne puissiez pas le transmettre ou être infecté quand vous êtes vacciné, mais quand même, un des principes fondamentaux de la vaccination est de vous protéger contre l’hospitalisation et les formes graves. Et on va voir que cette protection n’est pas supprimée. Alors, c’est vrai que dans les études on retrouve encore parmi les gens affectés 7 %, même presque 8 % de vaccinés. Mais il y a quand même plus de non-vaccinés. Ce sont les chiffres bruts. Vous allez me dire « oui, d’accord il y a 7,7 % de vaccinés, c’est quand même encore beaucoup de vaccinés. » Oui, mais il faut prendre en compte qu’en Angleterre il y a plus de vaccinés, ce qui fait que pour faire simple, en juin chez les plus de 50 ans, il y avait 20 millions de personnes vaccinées et moins d’un million de personnes non vaccinées. Donc il y a 20 fois plus de vaccinés. Donc, chaque fois que vous avez un patient qui est infecté dans un groupe, il y en a en réalité vingt fois plus qui sont protégés dans le groupe suivant, si on fait la proportion. Et donc quand il y a 6 % d’infectés parmi les 20 millions, c’est beaucoup moins, en proportion, que 67 % qui sont infectés chez les gens qui sont moins vaccinés. Donc, retenez quand même que le risque d’infection est franchement diminué – de 60 % – chez les vaccinés. Mais ce n’est pas parfait. En revanche, dès que vous allez passer de la simple infection (portage du virus et capacité de transmissibilité) à la forme symptomatique (« j’ai le rhume »), c’est vrai que par rapport à l’Alpha où dès la première injection vous aviez un risque de formes symptomatiques diminué de 50 %, là vous n’avez plus de 35 %. Mais quand vous passez à la vaccination complète, vous avez encore un risque de formes symptomatiques faible de -80 %. Donc oui on être moins efficace que pour l’Alpha, mais on garde quand même une forte efficacité sur les formes symptomatiques. Et quand on passe carrément à l’hospitalisation, là il faut prendre déjà un premier paramètre en compte : le Delta conduit plus à l’hospitalisation que l’Alpha. Et, malgré cette augmentation de 85 % du risque d’hospitalisation si vous n’êtes pas vacciné, quand vous êtes vacciné finalement, la perte de protection contre l’hospitalisation est assez faible – on passe de 81 % de protection pour l’Alpha à -75 % de risque infectieux pour le Delta. Donc vous voyez que contre l’hospitalisation, même à la première dose il y a une efficacité. Et, surtout, c’est ce chiffre qu’il faut retenir : il y a -94 % de risque d’être hospitalisé après deux injections, pour le virus Delta. Donc, certes, l’infectiosité est moins bien couverte, le virus va circuler et c’est pour cela qu’il va falloir garder les mesures barrières même chez les vaccinés, mais le risque d’hospitalisation reste drastiquement diminué chez les doubles vaccinés. Et cela reste aussi un des buts principaux de la vaccination : baisser l’hospitalisation et la mortalité.
Le vrai et faux sur la mortalité
La mortalité, on en parle chez les vaccinés parce qu’il y a beaucoup de choses qui circulent. Et il y a du vrai et du faux. En particulier, on dit qu’il y a plus de morts chez les gens vaccinés que non vaccinés par le virus Delta. Cela se base sur un rapport fait en juin par les Anglais – vous avez accès à toutes les données aujourd’hui, chacun peut les trouver en ligne, tout est publié et donc on ne peut pas vous cacher d’informations – et c’est vrai que quand on regarde ce rapport de façon brute, on a chez les gens qui avaient reçu deux doses, 50 morts, et chez les gens non vaccinés, 38 décès. Donc on a le sentiment qu’il y a plus de décès en proportion chez les gens vaccinés. Et on se dit « aïe… » Mais en réalité, c’est normal – souvenez-vous de cette règle qui est : à cette période chez les plus de 50 ans qui sont concernés ici, il y avait 20 fois plus de personnes vaccinées que non vaccinées et donc chaque fois que vous avez un mort chez les non-vaccinés et un mort chez les vaccinés, en proportion vous avez quand même un risque de mort qui est diminué par 20, évidemment chez les vaccinés. Donc attention – il faut rapporter ce chiffre brut au nombre de personnes et à ce moment-là vous vous rendez compte que la vaccination protège contre les décès. Et si on continue de vous dire « Oh là là ! Regardez, ça a encore augmenté en juillet… » Effectivement, il y a toujours plus de morts en valeur absolue, mais en proportion cela représente toujours 20 fois moins de décès. Donc restons bien objectifs sur ces chiffres. Il faut évidemment les rapporter à la population générale et on se rend compte qu’en proportion, le risque est moindre.
Quand on a 70 ans et qu’on regarde son risque de mortalité par rapport à un sujet de 40 ans, avec 30 ans de plus vous multipliez par 30 le risque de décès. Aujourd’hui, on peut dire de la vaccination que cela vous fait rajeunir de 30 ans sur le plan du risque de mortalité. Mais attention – à 40 ans, le risque de mortalité n’est pas nul non plus ! Il est donc normal, hélas, qu’il y ait aussi des gens vaccinés hospitalisés, et il y aura encore des gens décédés avec une vaccination. C’est, hélas, ce qu’on appelle les trous dans la raquette. C’est-à-dire que dans la population générale, sur des millions et des milliards de personnes qu’on va vacciner, tous n’auront pas une réponse immunitaire parfaite et il restera forcément des gens qui auront été vaccinés et qui auront des complications. Cela aurait probablement été encore pire… si on ne les vaccine pas. Donc, c’est vrai que c’est assez étonnant, mais on avait déjà observé cela avec le virus Alpha et les virus précédents : il y a des gens qui arrivent à l’hôpital en étant double-vaccinés et qui ont un mauvais pronostic. Pourquoi ? Parce qu’en fait, ce sont des gens qu’il faut considérer comme n’ayant pas été capables de répondre à la vaccination. Et ces patients, ils décèdent. Et le message est très clair pour les médecins qui vont les prendre en charge : un patient double-vacciné qui arrive à l’hôpital, il faut considérer qu’il n’a pas été vacciné et il faut lui proposer des soins comme s’il n’avait pas été vacciné. Et cela veut dire, pour nous, rapidement, probablement, proposer des anticorps monoclonaux à ces patients pour faire comme s’ils avaient été vaccinés.
Qu’est-ce qui nous attend cet été ?
Maintenant, qu’est-ce qui nous attend cet été ? Vous vous souvenez de l’été 2020 : les jeunes s’infectent, on dit « ce n’est pas grave parce que les jeunes, il leur arrive peu de tuiles, ils sont peu hospitalisés, ils décèdent peu, et on voit le nombre de cas augmenter, mais pas les hospitalisations. » Mais souvenez-vous que les jeunes, à un moment ou un autre, ils rentrent chez leurs parents et chez leurs grands-parents et c’est à ce moment-là où se discute le risque majeur d’hospitalisation pour les parents et les grands-parents. Là, ils vont rentrer avec le virus Delta qui va circuler. D’abord – souvenez-vous – il va y avoir chez les jeunes aussi des hospitalisations et des décès, on voit des jeunes mourir aujourd’hui en Angleterre, qui ne sont pas vaccinés et là, pour le coup, dans le dernier rapport c’était deux morts dans les jeunes du côté vacciné contre 21 du côté non vacciné. Et c’est quand même un gâchis humain, donc clairement il faut aussi vacciner les plus jeunes.
Ensuite, qu’est-ce qui va se passer ? La répartition des infections : les infections sont chez les gens qui vont sortir – que cela soit, finalement, garçon ou fille, cela ne change rien, on va avoir des cas de contagiosité. Et je crois qu’il y a vraiment un message fondamental à faire passer : oui, les plus âgés seront protégés à leur retour, et vous avez vu que cela protège bien contre le décès et l’hospitalisation, mais pas à 100 %, donc je crois qu’il faut aussi que les jeunes comprennent qu’il ne faudra pas ramener le variant Delta à la maison, car il y a un risque. Il faut se souvenir que tous les gens ne sont pas vaccinés à plus de 50 ans, que le risque d’hospitalisation et de décès est majoré avec le variant Delta, et que 5 % seulement de la population avait été infectée à la première vague et cela avait saturé les hôpitaux. Donc s’il reste encore 20 % de gens de plus de 50 ans à vacciner, c’est largement de quoi faire une épidémie, en France, qui sature le système de soins. Donc il ne faut pas laisser le [variant] se propager cet été – ce serait une erreur catastrophique.
En conclusion
On peut se protéger une fois qu’on est vacciné contre l’hospitalisation et le décès, avec une diminution de 92 % du risque d’hospitalisation. Le vaccin fonctionne contre le virus Delta. Mais clairement ce virus va circuler chez les vaccinés. Vous avez vu que la protection contre l’infection est moins bonne et donc on perd un effet, ce qu’on appelle l’effet altruiste – c’est-à-dire que même si vous êtes vacciné, vous pourrez infecter des gens. C’est la vraie limite du variant Delta, aujourd’hui. Le variant Delta est plus contagieux, cela veut dire qu’il va falloir vacciner encore plus de monde pour atteindre l’immunité de groupe, et cette fois-ci, il faudra viser probablement 90 % de la population complètement vaccinés pour escompter éliminer ce virus. Ce n’est pas impossible, mais vous voyez que la marche à franchir est plus haute.
Enfin, ne sous-estimez pas le virus, mais ne sous-estimez pas, non plus, les humains. On a des éléments pour vaincre ce virus : la vaccination ; les anticorps monoclonaux ; on s’est adapté aux mutations. On a aussi encore des traitements à proposer, donc on va faire face, on est déjà en train de faire face. Clairement, la première marche à franchir, c’est une vaccination généralisée. On est sur la bonne route, on va continuer.
Je vous remercie de m’avoir écouté et j’espère vous retrouver pour rediscuter, peut-être à la rentrée, d’autres éléments sur ce virus.
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Citer cet article: Focus sur le variant Delta : infectiosité, vaccination, mortalité, espoirs... - Medscape - 28 juil 2021.
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