Variant indien : doit-on s’inquiéter ?

Stéphanie Lavaud

Auteurs et déclarations

3 juin 2021

France – A ce jour, les trois quarts des nouvelles contaminations sur le sol britannique sont dus au variant indien. Une « épine dans le pied » pour la population outre-manche ou un vrai sujet d’inquiétude pour les Européens ? Quelles sont les particularités de ce variant ? Les vaccins actuels sont-ils efficaces contre ce variant ? Les réponses des experts britanniques du PHE et celles du Conseil Scientifique français [1,2].

Qu’appelle-t-on « variant indien » ?

A partir de début mars 2021, l’Inde a enregistré une recrudescence massive du nombre de cas de Covid-19. Cette reprise épidémique a été observée dans tout le pays, impliquant différents lignages viraux, en particulier le variant UK dans certaines régions. Mais sont également apparus d’autres lignages, B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3, tous trois ayant en commun une mutation L452R sur la protéine de spicule pouvant être associée à une augmentation de la transmissibilité du virus, mais présentant également des caractéristiques différentes [1].

« Ces trois lignages ont été regroupés sur le nom générique de variants dits « indiens », appelés « double mutant ». Cette dénomination de « double mutant » fait référence à l’association de des mutations L452R et E484Q, qui n’avaient jamais été observées ensemble avant l’émergence de ces virus » précise le Conseil scientifique dans son dernier avis consacré à ces variants.

Parmi ces trois lignages, le lignage B.1.617.2 ou delta (voir encadré) est à ce jour le plus fréquemment détecté en France et en Europe.

C'est aussi celui auquel sont associés davantage de risques pour le public, a indiqué l'OMS dans son point épidémiologique hebdomadaire sur la pandémie.

La sous-lignée B.1.617.1 a, elle, été rétrogradée à la catégorie de "variant d'intérêt", et baptisée Kappa (voir encadré). Quant au B.1.617.3, il n'est plus considéré comme intéressant par l'OMS et ne s'est pas vu attribuer de lettre grecque en raison de sa relative faible occurrence.

Nouvelle nomenclature pour les variants[3]

Dans un souci de simplification pour le grand public et de non-stigmatisation, l’Organisation Mondiale de la Santé vient de décider de renommer les variants du SARS-CoV-2 en utilisant l’alphabet grec. Selon la nouvelle nomenclature, le variant B.1.617.2 devient le variant delta, tandis que le variant B.1.1.7 (Kent) est désormais identifié comme étant le variant alpha.

Est-il plus transmissible ?

Ce virus présente effectivement un profil génétique pouvant lui conférer un avantage de transmissibilité supérieur aux deux autres lignages, principalement en raison de la mutation L452R associée à T478K (en absence de mutation 484). Cette augmentation de transmissibilité a été rapportée par les Indiens et les Britanniques [1,2]. Le nombre d’infections au Royaume-Uni aurait quasiment doublé en l’espace d’une semaine. Néanmoins, « le niveau exact d’augmentation fait encore l’objet de discussions », précise le Conseil scientifique.

Où trouve-t-on le variant B.1.617.2 au Royaume-Uni ?

Des foyers du variant B.1.617.2 ont été détectés dans plusieurs régions du Royaume-Uni, notamment dans des localités où résident des communautés indiennes. Il existe désormais de multiples clusters dans lesquels ce variant se propage rapidement, les plus importants étant situés au nord-ouest de l’Angleterre, dans les villes de Bolton et Blackburn. Après que le variant B.1.617.2 semble prendre le dessus sur le variant UK dans ces localités, il pourrait être désormais majoritaire à l’échelle nationale.

Qui est concerné par ce variant ?

Le variant B.1.617.2 circule davantage parmi les tranches d’âge les plus jeunes, les moins vaccinées. A Bolton, les cas ont d’abord augmenté chez les adolescents, en lien avec des foyers dans les écoles. Il est essentiellement retrouvé dans la communauté indienne, importante au Royaume-Uni.

Il n’y a pas d’élément actuellement pour suggérer que le variant B.1.617.2 entraine des formes cliniques plus sévères comparé aux autres virus. « Il est cependant encore trop tôt pour se prononcer sur ce point, sachant qu’il faut plusieurs semaines pour mettre en évidence une surmortalité associée à un type de virus », précise le Conseil scientifique.

L’a-t-on déjà détecté en France ?

En France, un petit nombre de cas ont été observés, le sous-lignage indien majoritaire étant le B.1.617.2 (86% des épisodes en France).

Au 18 mai 2021, ces virus avaient été identifiés dans 37 cas ou clusters représentant 77 cas confirmés dans 9 régions différentes (7 en France métropolitaine, en Guadeloupe et à la Réunion). Pour 35 de ces 37 épisodes, il y avait un lien direct avec l'Inde (retour d'un séjour en Inde) ou indirects (contact avec une personne revenant d'Inde, ou épisode lié à une transmission sur un bateau avec des membres d'équipage indiens).

Les vaccins sont-ils efficaces contre cette souche ?

Les premières données en vie réelle disponibles au Royaume-Uni suggèrent une efficacité vaccinale conservée contre l’ensemble des formes cliniques de l’infection par le B.1.617.2 : elle serait de 88 % après deux doses de Pfizer et de 60 % après 2 doses d’Astra-Zeneca [4]. En revanche, cette efficacité ne serait que de 33% après une dose (pour chacun des vaccins) [4]. Il n’y a pas encore de données suffisantes sur la protection contre les formes graves de l’infection.

 
L'efficacité vaccinale serait de 88 % après deux doses de Pfizer et de 60 % après 2 doses d’Astra-Zeneca.
 

Aussi, selon une étude de l’Institut Pasteur mise en ligne sur le site bioRxiv le 26 mai, l’analyse du sang de personnes ayant été déjà infectées par le SARS-CoV-2 dans les 12 mois précédents montre que des concentrations trois à six fois plus élevées d’anticorps sont nécessaires pour neutraliser le variant indien par rapport à la souche B.1.1.7. Cette différence de sensibilité est aussi observée chez les personnes vaccinées avec deux doses du vaccin Pfizer, les anticorps présents dans leur sérum sont efficaces sur le variant anglais mais légèrement moins efficaces contre le variant indien. En revanche, le serum des personnes vaccinées avec une dose du vaccin AstraZeneca, qui est efficace contre le variant anglais, est très peu actif contre les variants indiens et sud-africains.

Quel est le niveau de contrôle actuel entre le Royaume-Uni et la France ?

Actuellement, une personne en provenance du Royaume-Uni qui souhaite accéder au territoire français doit présenter une déclaration sur l’honneur attestant qu’elle ne présente pas de symptôme d’infection au Covid-19, qu’elle n’a pas connaissance d’avoir été en contact avec un cas confirmé de Covid-19 dans les 14 jours précédant son trajet et présenter un résultat de test RT-PCR datant de moins de 72 heures. Une fois arrivée en France, toute personne en provenance du Royaume-Uni doit également s’engager sur l’honneur à s’isoler pendant 7 jours puis à refaire un second test RT-PCR à l’issue de cet isolement.

Des « variants » mais pas « d’échappement immunitaire »

Dans son dernier avis, le Conseil scientifique apporte cette précision plutôt rassurante concernant l’emploi du terme « variant » : « Actuellement, les différents lignages génétiques décrits et capables d’évoluer sur un mode de diffusion épidémique sont un peu abusivement dénommés variants. En effet, un variant est un lignage génétique qui présente une variation antigénique entrainant un échappement immunitaire significatif, pouvant induire une recirculation massive du virus malgré une immunité collective significative (>70 à 80%). A ce jour, parmi les différents « variants » décrits, aucun ne répond complètement à la définition d’un « variant d’échappement immunitaire ». C’est d’ailleurs confirmé par le maintien d’un niveau de protection très élevé chez les personnes qui ont été infectées par la souche historique « Wuhan », qui sont secondairement exposées aux virus dits « variants ». Seules les modifications observées en position 484 induisent un échappement immunitaire partiel. Le niveau de cette mutation constitue donc un signal de surveillance et d’alerte » [1].

Crédit photo : Getty Images

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