France – Un nouveau variant du SARS-CoV-2 (dérivé du Clade 20C), non détecté par les tests PCR, a été repéré en Bretagne, obligeant les autorités sanitaires à mettre en place des mesures spécifiques. Où ce variant est-il apparu en premier ? Est-il dangereux ? Quelle est la conduite à tenir par les professionnels de santé bretons ? Voici les informations disponibles à ce jour [1,2,3].
Un virus « invisible » aux tests PCR
Le jeudi 11 mars 2021, l’Agence régionale de santé (ARS) de Bretagne a révélé qu’un nouveau variant de Covid-19 venait d’être identifié au centre hospitalier de Lannion (Côtes-d’Armor) où, depuis près d’un mois, 71 patients et soignants avaient contracté le Covid-19. Deux jours après, 79 cas avaient été identifiés, dont 8 cas porteurs du variant, confirmés par séquençage, tous hospitalisés et tous décédés, a-t-on appris aujourd’hui lors d’une conférence de presse ce jour de l'ARS de Bretagne et du préfet des Côtes-d'Armor, mais sans qu’il puisse être tiré de « conclusion de sévérité accrue du virus » a-t-il été précisé. Hier soir, le 15 mars, l’information – qui n’avait été relayée jusqu’à présent qu’au niveau local – faisait l’objet d’une communication à l’échelle nationale de la part du Ministère de la santé et s’accompagnait d’un DGS-Urgent [1,2].
Ce DGS-Urgent indique que le cluster est d’abord nosocomial, avec des cas détectés également dans le milieu communautaire. Sa détection fait suite à plusieurs cas de patients présentant des symptômes typiques de l’infection à SARS-Cov-2 mais dont les résultats des tests PCR réalisés sur des prélèvements nasopharyngés se sont révélés négatifs. Des investigations épidémiologiques et virologiques plus pointues ont donc été menées par Santé publique France et le CNR Virus des infections respiratoires.
Et c’est alors que l’analyse moléculaire réalisée par le CNR de Pasteur a mis en évidence un nouveau variant (dérivé du clade 20C) porteur de neuf mutations dans la région codant pour la protéine S mais également dans d’autres régions virales*, ce qui pourrait expliquer que le virus passe inaperçu avec la stratégie de dépistage actuellement en vigueur.
*Ce variant du clade 20 C est défini par de nombreuses mutations sur la protéine S (S:H66D, S:G142V, S:D215G, S:V483A, S:D614G, S:H655Y, S:G669S, S:Q949R, S:N1187D) et des délétions (ORF6:K23-, ORF6:V24-, ORF6:S25-, ORF6:I26-, ORF6:W27-, ORF6:N28-, ORF6:L29-, ORF6:D30-, ORF6:Y31-, S:Y144-).
Pas de gravité ni de transmissibilité accrues
A ce stade, et en attendant des analyses plus poussées, cette souche a été placée dans la catégorie « variant under investigation » (variant à suivre) de l’OMS. Dans leur communiqué commun, la DGS et Santé publique France précisent toutefois que « les premières analyses de ce nouveau variant ne permettent de conclure ni à une gravité ni à une transmissibilité accrues par rapport au virus historique ». Bien sûr, « des expérimentations vont également avoir lieu afin de déterminer comment ce variant réagit à la vaccination et aux anticorps développés lors de précédentes infections ».
Par ailleurs, dans l’immédiat, le port du masque est rendu obligatoire dans tout le département des Côtes-d'Armor et la campagne de vaccination va s’accélérer dans la région, avec la mise en place d'un centre éphémère de vaccination à Pleumeur-Bodou. Dans ce centre, 1000 doses seront administrées chaque jour, promet le préfet des Côtes-d'Armor. Les huit autres centres de vaccination du département monteront eux en puissance. Et 800 doses supplémentaires vont être acheminées pour les soignants de l'hôpital de Lannion, a expliqué Stéphane Mulliez, le directeur de l'ARS Bretagne, selon France Bleu. Enfin, les autorités internationales ont été informées de la découverte de ce variant.
Conduite à tenir
Compte-tenu de la possible mise en défaut du diagnostic biologique sur les prélèvements naso-pharyngés, un système spécifique de détection et de surveillance des cas possibles d’infection ou de portage a été mis en place par les autorités sanitaires dans une zone géographique comprenant Lannion, Guingamp, Saint-Brieuc et Morlaix [2,3].
Ainsi, est considéré comme cas possible d’infection par ce variant du clade 20C :
Toute personne présentant les signes cliniques évocateurs de Covid-19 suivants : infection respiratoire aiguë avec fièvre ou sensation de fièvre de survenue brutale qui serait présente dans la zone déterminée comme une zone de circulation avérée ou suspectée de ce variant du clade 20C.
Cas probable d’infection par ce variant du clade 20C
Tout cas possible d’infection par ce variant du clade 20C
- présentant des lésions visibles en tomo-densitométrie thoracique évocatrice de COVID-19 OU
- avec un contact à risque avec un autre cas possible, probable ou confirmé d’infection par ce variant du clade 20C, ou appartenant à un regroupement de ces cas possibles, probables ou confirmés.
Ou Toute personne présentant une anosmie ou hyposmie sans rhinite associée et/ou une agueusie ou une dysgueusie, d’apparition brutale.
Cas confirmé d’infection par ce variant du clade 20C
Toute personne, symptomatique ou non, avec un résultat biologique (séquençage) confirmant l’infection par le variant du clade 20C du SARS-CoV-2.
Les détails de la prise en charge et les mises à mettre en place vis-à-vis des cas contacts sont détaillés dans le DGS-Urgent, sachant que « dans le contexte imposé par ce nouveau variant dérivé du clade 20C, une attention toute particulière doit être portée sur la déclaration des cas dans « Contact-COVID » [2].
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Citer cet article: Variant breton : quelles sont les mesures mises en place ? - Medscape - 16 mars 2021.
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