Traquer le SARS-CoV-2 dans les égouts: quel intérêt ?

Catherine Moréas

23 février 2021

France – Le moindre frémissement de l’épidémie de Covid-19, à la hausse comme à la baisse, se lit désormais dans nos eaux usées.

À Marseille, le bataillon des marins-pompiers qui prélève des échantillons depuis le printemps dernier tient son public en haleine sur son compte Twitter : « Ce matin, une colonne mobile d’intervention biologique de #marinspompiers de @marseille est partie vers la #Moselle pour y conduire des opérations d’évaluations sanitaires : traque du virus, détection des variants, expertise », est-il écrit le 14 février.

À Limoges, c’est tout un quartier de 6000 habitants qui est soumis à une campagne de dépistage, mi-février, après la découverte d’une concentration alarmante de génome viral dans les collecteurs.

 

https://twitter.com/MarinsPompiers/status/1360857228467720192

Un réseau en construction

Au niveau national, l’attention se focalise sur le réseau Obepine (Observatoire épidémiologique des eaux usées), lancé en avril 2020 à l’initiative de chercheurs de l’université Paris-Sorbonne et du CNRS. Le dispositif a pris de l’ampleur cet été, grâce à une subvention de 3,5 millions d’euros du ministère de la Recherche.

Dès la fin du mois de juin, Obepine avait repéré que le virus, qui avait pratiquement disparu des égouts à la suite du premier confinement, recommençait à circuler en région parisienne.

Pour suivre la progression du Sars-CoV-2, Obepine a passé des accords avec les gestionnaires de 158 stations d’épuration (sur plus de 20 000 au total) réparties sur l’ensemble du territoire et représentatives de la population française (localisation, densité d’habitants, activité économique…). Les échantillons, prélevés deux fois par semaine au minimum, sont envoyés dans neuf laboratoires-partenaires. L’analyse, qui fait appel à des techniques de biologie moléculaire (RT-PCR), permet de déterminer la concentration de génome viral (ARN) dans un litre d’eau usée, à un moment donné. « L’analyse dose donc des traces de son patrimoine génétique. Les résultats ne doivent surtout pas être interprétés comme des analyses de virus actif et infectieux », note Yves Lévi, professeur émérite de santé environnementale à l’université de Paris-Saclay (voir encadré).

Une corrélation avec le nombre de cas

Le travail du réseau Obepine montre que la progression du virus dans les égouts suit une courbe quasi-parallèle au nombre de malades testés positifs dans la même zone géographique. Mais les chercheurs français ne sont pas les seuls à travailler sur cette hypothèse. « Des études réalisées notamment aux Etats-Unis et en Australie montrent effectivement une bonne corrélation entre l’analyse du génome dans les eaux usées et le nombre de cas détectés et, parfois, le nombre d’hospitalisations. Il serait donc intéressant de voir si ce type d’analyse permet d’anticiper suffisamment en avance les mouvements de l’épidémie, à la hausse comme à la baisse. Quelques publications très récentes montrent que c’est possible avec un décalage de quelques jours. C’est intéressant mais pas miraculeux non plus », relativise Yves Lévi.

De fait, ce point reste à éclaircir. Dans ses interventions publiques, Vincent Maréchal, virologue et co-fondateur d’Obepine, évoque un décalage d’une semaine à un mois, selon les secteurs, entre la détection du virus dans les égouts et l’apparition des malades. De leur côté, les marins-pompiers de Marseille parlent d’un délai de six jours.

À la recherche des variants

Pour l’heure, les analyses d’Obepine ne permettent pas encore de repérer les variants du Sars-CoV-2. La détection des différentes mutations est à l’étude, mais pas opérationnelle, selon les responsables du réseau qui travaillent sur ce sujet depuis la mi-décembre. Identifier les variants dans le cloaque des égouts est plus compliqué qu’il n’y paraît. « Pour confirmer la présence du variant, il faut séquencer la souche. Sur un patient, la souche de virus est très homogène car le patient est généralement infecté par une seule souche. Dans les eaux usées, en revanche, on est sur un mélange de souches virales », indiquait Vincent Maréchal lors d’une intervention sur le site CovidTracker, le 20 janvier.

Pour leur part, les marins-pompiers de Marseille ont annoncé le 12 février disposer de l’outil de criblage nécessaire à la détection des nouveaux variants dans l’eau d’égout, avec une carte montrant leur répartition dans les différents quartiers de la ville.

Une idée déjà ancienne

Cette traque du virus dans les canalisations est partie d’un constat : le Sars-CoV-2 ne se multiplie pas seulement dans les voies respiratoires. Il colonise également le tube digestif. Les personnes infectées, symptomatiques ou non, l’excrètent dans leurs selles pendant quatre à six semaines, à des degrés variables. Au passage, signalons que des chercheurs se sont également intéressés aux urines, sans rien trouver de significatif.

L’idée des égouts n’est pas nouvelle. « L’épidémiologie s’intéresse aux eaux usées depuis une quinzaine d’années », précise Yves Lévi. On y a traqué le virus de la poliomyélite. Des projets de recherche ont porté sur la détection des hépatites et de la gastro-entérite. Ces dernières années, le concept a été étendu aux métabolites des drogues ce qui avait suscité, en 2013, la colère de Martine Aubry, maire de Lille, face à des résultats suggérant une forte consommation de cannabis et de cocaïne dans sa ville…

D’une certaine manière, Obepine se heurte aux mêmes difficultés. Au lancement du projet, des collectivités locales et des gestionnaires de réseaux d’eau ont exigé la signature d’un accord de confidentialité afin de garder la main sur leurs analyses d’eaux usées, comme l’expliquait Vincent Maréchal sur CovidTracker. De fait, les zones touristiques n’aiment pas trop dévoiler la teneur de leurs égouts en période de forte affluence.

Depuis fin janvier, l’accord de confidentialité conclu avec certains opérateurs a été levé, ce qui permet à Obepine de publier sur son site des «données ouvertes» sur une cinquantaine de secteurs. Ces courbes sont présentées comme des «tendances» moyennes, permettant de faire des comparaisons d’une zone de collecte à l’autre, d’une région à l’autre.

Un indicateur à valider

Pour l’heure, l’indicateur «eaux usées» n’est pas intégré dans la batterie de données précoces (taux d’appels au Samu et à SOS-médecins, nombre de cas positifs confirmés…) qui permet de suivre au jour le jour l’évolution de l’épidémie. Les Marins-pompiers de Marseille, comme le réseau Obepine, transmettent leurs informations aux autorités sanitaires. Mais leurs méthodes d’analyses doivent encore être validées.

Difficile de zoomer sur un immeuble

À l’avenir, ce type d’indicateur pourrait être utile à l’échelle d’une ville ou même d’un quartier. Repérer une concentration anormale de virus dans les égouts pourrait déclencher une campagne de dépistage, comme cela s’est fait à Limoges récemment. Les hôpitaux pourraient se préparer à un afflux de patients, quelques jours à l’avance. Yves Lévi prolonge le raisonnement en soulignant l’intérêt de surveiller les eaux usées des zones rurales et des petites communes, où l’on dispose de données épidémiologiques parcellaires.

Mais il sera difficile de descendre à l’échelle d’un immeuble, d’un Ehpad ou d’une école. Pour avoir une vision correcte, il faudrait effectuer des prélèvements en continu ce qui, paraît difficile à mettre en œuvre : « Dans un immeuble, souligne Yves Lévi, il faudrait prélever les eaux usées au moment où la personne malade tire sa chasse d’eau ; ou alors installer un grand bac sous l’immeuble, récupérer les égouts pendant 24 ou 48 heures et, ensuite, faire des moyennes. La difficulté est la même pour une école : si vous prélevez au moment où les enfants sont en classe, vous n’aurez rien dans les toilettes. »

Il reste encore beaucoup de chemin à parcourir avant de disposer d’un nouvel outil épidémiologique, cohérent et fiable sur l’ensemble du territoire. Pour l’heure, les marins-pompiers de Marseille et Obepine travaillent côte à côte, mais pas ensemble.

Le virus retrouvé dans l’eau reste-il infectieux ?

La question s’est posée dès les premières analyses d’égouts. La ville de Paris s’en est inquiétée, en avril dernier, au point de suspendre le nettoyage de ses rues avec de l’eau non-potable. Par précaution, l’Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire) a, à la même époque, demandé de renforcer le traitement « hygiénisant » des boues issues des stations d’épuration et destinées aux épandages agricoles. À l’heure actuelle, les études sur la présence du virus dans l’environnement sont « rassurantes », selon Yves Lévi. Dilué dans les eaux usées, le Sars-CoV-2 semble perdre rapidement son infectiosité. De son côté, l’Ifremer (qui a intégré le réseau Obepine) s’est intéressé à l’eau de mer. Cet institut de recherche a analysé des coquillages-filtreurs, en différents points des côtes françaises. Aucune trace de Sars-Cov2 n’a été retrouvée dans les palourdes, les moules et les huîtres.

 

 

 

 

 

 

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