France — Le variant anglais représenterait 9,4% des d’infections par le SARS-CoV-2 franciliennes, selon des données préliminaires présentées par le Pr Anne-Geneviève Marcellin (virologue, Hôpital de la Pitié-Salpétrière, Paris) lors d’une conférence de presse de l’AP-HP le 26 janvier [1]. Une incidence importante mais qui serait encore en deçà de la réalité pour les laboratoires privés Biogroup, qui estiment à près du double la part des variants britanniques en Ile-de-France [2].
Les données communiquées par l’AP-HP
D’après l’enquête intermédiaire réalisée en Ile-de-France entre le 11 et le 21 janvier auprès de 8 sites, sur 1080 RT-PCR positives, 11% se seraient avérées suspectes après la réalisation de RT-PCR par le réactif de Thermo Fisher et la présence du variant anglais aurait été confirmée par séquençage dans 9,4 % des cas, indique l’AP-HP.
Concernant le variant Sud-Africain, Anne-Geneviève Marcellin a indiqué que sur les deux sites où il avait été recherché, 4 cas avaient été identifiés, soit 1 % des RT-PCR positives.
« Ce que montrent ces résultats intermédiaires, non représentatifs de ce qui se passe au niveau national, c’est qu’il y a une tendance à l’augmentation de la circulation du variant anglais depuis début janvier et que l’on commence à détecter du variant sud-africain en Ile-de-France », a conclu Anne Geneviève Marcellin.
L'étude menée en Ile-de-France « correspond assez bien aux modélisations qui ont été faites par l'Institut Pasteur », a précisé la virologue.
Selon l’organisme, le variant anglais pourrait représenter 2 à 12 % des cas de Covid-19 au 1er février et 12 à 64 % au 1er mars en France.
Notons qu’une deuxième enquête FLASH a été réalisée mercredi 27 janvier pour connaitre l’évolution de la situation sur le territoire.
Pour rappel, une première enquête FLASH réalisée les 7 et 8 janvier 2020 avait montré que sur 10 500 RT-PCR positives analysées au niveau national, 2,5 % correspondaient au variant anglais après séquençage.
Les laboratoires privés Biogroup qui ont fourni près de 50 % de toutes les PCR positives analysées lors de la première enquête FLASH ont publié une carte de la répartition de leurs RT-PCR suspectes aux 7 et 8 janvier.
Carte Biogroup
21% de PCR suspectes en IdF en fin de semaine dernière selon Biogroup
Selon les laboratoires Biogroup, à la fin de la semaine dernière, 21% de leurs RT-PCR réalisées en Ile-de-France étaient suspectes, un chiffre bien supérieur à celui estimé par l’AP-HP. « Et, même si ces cas ne sont pas tous confirmés comme étant des variants britanniques, on peut noter que lors de la première enquête FLASH, 97 % des PCR suspectes que nous avons envoyées sont revenues positives au variant », a précisé le Dr Laurent Kbaier pour Medscape édition française.
Que l’on soit à 9,4% …ou à près de 20 % de variants britanniques en Ile-de-France, ce que nous disent les chiffres c’est que « ces variants sont en train de devenir dominants et ce n’est pas une surprise […] Il faut s’attendre à ce que le variant anglais envahisse toute la France à quelques exceptions près », a commenté le Pr Bruno Rioux, directeur médical de crise à l'AP-HP, qui a rappelé que le variant anglais est 50 à 70 % plus contagieux et qu’il pourrait être 10 à 30 % plus virulent bien que cette dernière donnée reste à confirmer.
« Si on ne fait rien, j’ai la quasi-certitude qu’il y aura une troisième vague qui entrainera un débordement des hôpitaux et qui aura un impact sur les patients. Je suis pour un confinement le plus vite possible même si je suis conscient des conséquences sociales et financières », a-t-il précisé.
Séquençages à la traine : les PCR de criblage à la rescousse
Actuellement, en France, la stratégie de séquençage pour repérer les nouveaux variants reste laborieuse. Au 13 janvier, par exemple, le Royaume-Uni avait séquencé 50 fois plus que la France: 137 884 contre 2736.
Pour tenter de repérer rapidement les différents variants, outre les RT-PCR utilisant le réactif Thermo Fisher qui permettent de suspecter une infection par le variant britannique, la France va miser sur une autre option : les RT-PCR de criblage.
« Il s’agit de RT-PCR qui utilisent des amorces [petites séquences d’ARN] spécifiques aux différents variants que nous connaissons. Pour l’instant, le britannique, le sud-africain et le brésilien. L’avantage de cette stratégie est qu’elle s’appuie sur une technologie bien maitrisée par les laboratoires et facilement accessible. Les résultats sont extrêmement rapides par rapport au séquençage et le coût nettement plus faible. L’inconvénient est que l’on ne trouve que ce que l’on connait. En effet, les réactifs de PCR de criblage ne répondent que pour tel ou tel variant mais restent « aveugles » pour les autres, ceux que l’on ne connait pas encore », a commenté le Dr Kbaier pour Medscape.
Depuis le 23 janvier 2021, toutes les PCR positives de tous les laboratoires doivent donc être expertisées par une de ces PCR de criblage. Or pour l’instant, elles ne peuvent être réalisées que par les laboratoires Eurofins, les seuls à avoir fabriqué les amorces. « Mais tous les laboratoires en seront équipés d’ici une quinzaine de jours », a précisé le Dr Kbaier.
Dans un avenir proche, le séquençage ne sera plus réservé qu’à des cas précis, déterminés par les autorités sanitaires.
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Citer cet article: Forte progression du variant anglais en Ile-de-France - Medscape - 28 janv 2021.
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