COVID-19 : quel rôle pour le microbiote ?

Pr Harry Sokol, Dr Benjamin Davido

Auteurs et déclarations

10 mars 2021

Quel est l'impact du SARS-CoV-2 sur le microbiote intestinal? Les formes longues et sévères du COVID-19 pourraient-elles être  de bons candidats à la transplantation fécale? Quid des essais cliniques en cours durant la pandémie?

TRANSCRIPTION

Benjamin Davido — Bonjour et bienvenue sur Medscape pour parler de microbiote intestinal dans ce contexte de COVID-19. J’ai l’honneur de recevoir Harry Sokol. Pourriez-vous vous présenter?

Harry Sokol — Bonjour, je suis professeur de gastro-entérologie à l’hôpital Saint-Antoine à Paris, dans un service où on s’occupe essentiellement de maladies inflammatoires de l’intestin. Je dirige également une équipe de recherche qui s’intéresse aux interactions entre le microbiote intestinal et l’immunité dans différentes maladies, et particulièrement les maladies inflammatoires de l’intestin.

Microbiote et infections virales

Benjamin Davido — Depuis qu’on a découvert cette « fontaine de Jouvence » qu'est le microbiote après la publication princeps du New England Journal of Medicine sur la transplantation fécale dans l’infection à Clostridium, l’infectiologie est au cœur de la recherche sur le microbiote. Pouvez-vous nous en dire plus sur les interactions microbiote et infections, et notamment les infections virales ?

Harry Sokol — Aujourd’hui le microbiote est exploré tous azimuts, dans toutes les directions, et effectivement, l’infectiologie est un des champs qui est en train d’émerger. Il y a un certain nombre de données qui suggèrent que le microbiote pourrait jouer un rôle dans la susceptibilité aux infections virales pulmonaires, en particulièr la grippe. Il pourrait également jouer un rôle dans le risque de surinfection bactérienne de ces infections virales, tel que rapporté dans des travaux publiés par des collègues de Lille,[1] qui suggèrent que les acides gras à chaîne courte ― qui sont des molécules produites par certaines bactéries du microbiote en digérant des fibres végétales ― ont des effets sur l’immunomodulation dans l’intestin, mais aussi à distance jusqu’au niveau pulmonaire. Ils pourraient jouer un rôle dans la diminution de la sévérité des infections virales pulmonaires comme la grippe et également sur le risque de surinfections. Autrement dit, si on a un microbiote altéré qui va moins produire ces acides gras à chaîne courte, cela pourrait impacter la gravité de ce type d’infection.

Microbiote et sévérité des infections à COVID-19

Benjamin Davido — Justement, ce microbiote qu’on appelle souvent communément le « deuxième cerveau », par analogie, pourrait-il avoir un rôle dans l’inflammation, la gravité, voire la sévérité des formes de COVID-19 ?

Harry Sokol — Au-delà du COVID-19, on sait déjà que le microbiote, notamment lorsqu’il est altéré, peut jouer un rôle dans la survenue de pathologies inflammatoires intestinales – il est clairement impliqué dans la maladie de Crohn et dans la rectocolite hémorragique. On sait également qu’il peut jouer un rôle dans l’inflammation hors de l’intestin et c’est notamment le cas dans le syndrome métabolique où on a bien montré que certaines molécules d’origine microbienne passent dans sang périphérique, vont activer les macrophages dans le foie et dans la graisse périphérique et jouer un rôle dans cet état microinflammatoire. On est, dans ces cas-là, bien hors de l’intestin.

Ensuite, le lien potentiel avec le COVID est de plusieurs ordres. Si on s’intéresse au côté inflammatoire du COVID, on peut tout à fait imaginer — et je dis bien « imaginer » parce que ce dont je vais parler est purement spéculatif — que dans le cas d’une infection par le COVID, on a une augmentation de la perméabilité intestinale — on commence à avoir des données qui le suggèrent — et que certaines molécules microbiennes passent dans le sang périphérique et jouent alors un rôle dans la suractivation, donc dans ce fameux orage cytokinique. Mais encore une fois, il faut prendre cela avec des pincettes, ce ne sont que des hypothèses.

Benjamin Davido — Vous faites bien de le souligner, puisqu’aujourd’hui il n’y a pas d’essais qui montrent l’intérêt des antibiotiques, notamment avec leur impact indirect sur le microbiote, dans la prise en charge des patients atteints de COVID.

Harry Sokol — Absolument.

Actualité des essais sur la transplantation fécale

Benjamin Davido — Qui dit COVID, dit screening des agents anti-infectieux. On sait qu’il y a une excrétion large, digestive, du virus SARS CoV-2. Quel a été l’impact de l'épidémie sur la transplantation de microbiote puisque les essais ont été interrompus ?

Harry Sokol — Je coordonne le centre de transplantation fécale de l’AP-HP qui a pour but, justement, de pouvoir fournir des selles dans le cadre du soin à travers tous les hôpitaux de l’AP-HP. Effectivement, notre activité a été complètement interrompue par ordre de l’ANSM du fait de cette incertitude vis-à-vis du COVID.

Effectivement, on trouve de l’ARN viraldans les selles des patients infectés par le SARS CoV-2. On n’a toujours pas de démonstration bien claire qu’il y ait des virus infectants dans les selles, néanmoins, par précaution, les donneurs de selles dans le cas de transplantation sont testés au niveau à la fois rhinopharyngien et fécal pour la recherche de virus. Ce sont des recommandations de l’ANSM qui nous ont permis de reprendre le recrutement de donneurs, d’abord dans le cadre du soin en octobre-novembre. Théoriquement, on devrait pouvoir reprendre les essais thérapeutiques, mais honnêtement, vu le contexte, cela paraît difficile. Comme on ne sait pas exactement à quelle sauce on va être mangé dans les prochaines semaines, pour l’instant tout cela reste en pause. Mais on continue à faire des transplantations fécales dans le cadre du soin, que ce soit à l'hôpital Saint-Antoine avec des patients qu’on fait venir, mais aussi dans les autres hôpitaux qui nous sollicitent pour le Clostridioides difficile exclusivement.

Transplantation de microbiote dans le COVID long ?

Benjamin Davido — Y-a-t’il des études en cours sur la transplantation de microbiote et le COVID ? On voit de plus en plus de COVID longs avec différents symptômes ― digestifs, respiratoires, etc. ― et dans sa forme sévère, le COVID touche souvent des individus qui ont des facteurs de risque particuliers — obésité (pour laquelle on travaille avec le microbiote), hypertension, diabète, donc ce syndrome métabolique dont on parlait tout à l’heure… Le COVID ne serait-il pas un excellent candidat à la transplantation de microbiote ?

Harry Sokol — Tout à fait. D’ailleurs, le fait que les gens qui sont à risque de faire des COVID sévères sont des patients qui ont des pathologies dans lesquelles on sait que le microbiote est altéré, est aussi un des arguments qui suggère que le microbiote pourrait jouer un rôle, peut-être, dans la susceptibilité aux formes sévères. Aujourd’hui, il y a une seule étude , en tout cas déclarée, qui se déroule en Chine et qui évalue la transplantation de microbiote fécal dans les formes réfractaires/graves de COVID. Y aurait-il un intérêt à faire des transplantations fécales pour les patients qui auraient des symptômes post-COVID de type équivalent au syndrome de l’intestin irritable post-infectieux ? C’est une question qui se pose, qui va se poser à mon avis de manière de plus en plus aiguë en raison de l’augmentation actuelle du nombre de patients avec ces syndromes post-COVID digestifs, mais aussi extradigestifs.

Benjamin Davido — Quels sont les travaux en cours sur la transplantation et le microbiote en général, compte tenu de cette difficulté face au COVID ?

Harry Sokol — Sur le COVID lui-même, nous avons fait un travail avec des collègues de Lille et de la région parisienne, sur l’effet de l’infection par le coronavirus chez le singe, parce qu’il permet de faire une étude bien contrôlée. Effectivement, on montre, de manière expérimentale que l’infection par le COVID va avoir des effets sur le microbiote – non seulement sur la composition, mais aussi sur ses fonctions. On a regardé cela par des approches métabolomiques ciblées et on voit que les métabolites produits d’habitude par le microbiote sont altérés – de manière transitoire, mais ils sont effectivement altérés.

Ensuite, en termes d’actualité pour la transplantation fécale, on a plusieurs essais qui sont en cours, mais malheureusement tous sont en pause, que ce soit ceux que je coordonne moi-même dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin — maladie de Crohn et rectocolite hémorragique — ou d’autres études qui sont coordonnées par des collègues et qu’on aide pour le montage de ces essais dans d’autres pathologies. Là encore, tout est en pause malheureusement. Je n’ai pas de visibilité claire sur le moment où on pourra reprendre ces études.

Benjamin Davido — Merci beaucoup pour toutes ces explications qui étaient très claires. Finalement, on a un nouvel argument médiatique pour enrayer le COVID-19 : la reprise des essais cliniques sur le microbiote, qui était la fontaine de Jouvence d’hier, et pour laquelle on se rend compte qu’il y a des possibilités dans le COVID. Le verre à moitié plein sert toujours à quelque chose ! C’est un argument de plus pour avancer. Merci beaucoup !

Discussion enregistrée le 18 février 2021

Direction éditoriale : Véronique Duqueroy

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