Comment prescrire les tests diagnostiques de COVID-19 ?

Vidéo enregistrée le 25 décembre 2020

(Voir également Partie 1 : Immunité post-COVID : des données rassurantes et P artie 3 : Mesures barrières : comment minimiser le risque infectieux ? )

TRANSCRIPTION

Bonjour à tous, je suis le Dr Colas Tcherakian, pneumologue à l’hôpital Foch, et je vais partager avec vous les différents tests à notre disposition aujourd’hui pour essayer de porter un diagnostic de COVID-19, qu’il soit rétrospectif ou au moment de l’apparition des signes infectieux (s’il y en a), ou à visée de dépistage.

Il y a beaucoup de tests, beaucoup d’abréviations et il n’est pas toujours facile de se repérer dans les différentes terminologies. Les tests dont vous avez tous entendu parler sont les PCR, les TROD, les TDR et les ELISA. Tout d’abord, que veulent dire ces abréviations ?

• Le test PCR, qui est celui dont vous avez entendu parler en premier, a l’avantage de détecter des morceaux d’ARN dans le nez des patients, avec l’inconvénient de pouvoir détecter des morceaux y compris quand les gens ne sont plus infectieux. Et vous avez compris que c’est un problème de positivité persistante du test. Mais cela a l’avantage d’être la technique de référence aujourd’hui parce que c’est la plus sensible, c’est-à-dire celle qui a le plus de capacité à détecter une personne infectée lorsqu’elle l’est réellement.

• Pour essayer de pallier le manque de RT-PCR, et surtout parce que la RT-PCR met du temps à être rendue, il y a maintenant des tests antigéniques. Ces tests sont des TROD (test d’orientation au diagnostic rapide) et quand on en bénéficie, l’intérêt est évidemment d’avoir un résultat rapidement pour pouvoir sortir de la pharmacie ou du lieu où vous allez pratiquer votre TROD avec un diagnostic. On va voir quelle est leur fiabilité et le moment où il faut les utiliser.

• Il y a aussi des TDR (tests de diagnostic rapide). Le TDR et le TROD sont à peu près similaires dans le concept de « j’ai un résultat rapide. » Simplement, le TROD peut être réalisé sans prescription et par beaucoup de professionnels de santé différents, alors que le TDR sera lui réalisé dans un laboratoire, par un médecin habilité, et avec une prescription préalable. Donc ce n’est pas tout à fait le même rendu, même si l’idée, derrière, est un test rapide. La deuxième différence est que le TDR n’a pas besoin d’être confirmé par un test de référence alors qu’un TROD, normalement — mais on va voir que ce n’est pas toujours le cas, pour le COVID il y a eu des exceptions — doit être ensuite confirmé par un test de référence.

On a donc le test antigénique TROD, le test de référence PCR, le test sérologique TDR et le test de diagnostic de référence de la sérologie ELISA. À quel moment et comment on arrive, finalement, à les utiliser ?

Le test PCR

Très clairement, la positivité de la PCR apparaît en général 5 jours après la contamination et en moyenne deux jours avant l’apparition des symptômes. Cela permet donc de dépister les cas asymptomatiques avant même qu’eux-mêmes ne se rendent compte qu’ils sont malades et qu’ils contaminent les gens. C’est un élément fondamental. Cela nécessite une technique de prélèvement de bonne qualité et c’est ce qui fait en général la difficulté de ce prélèvement et sa sensibilité. L’inconvénient majeur est le délai de rendu, et c’est pour cela que d’autres tests ont été recherchés.

Les tests antigéniques

Clairement, il existe des limites importantes qu'il faut comprendre pour la réalisation du test antigénique. Sa sensibilité n’est pas tout à fait aussi bonne que la PCR, et donc, de ce fait, il ne faut normalement pas le prescrire dans les populations dites à "risque". Pourquoi ? Parce qu’on pourrait être faussement rassuré par une négativité de l’examen. Si vous en connaissez les limites, et en particulier si vous savez qu’une fois que vous êtes positif, a priori vous êtes forcément malade — il n’y a pas de faux positifs dans les TROD antigéniques.

Mais si vous êtes négatif avec un TROD antigénique, vous pouvez quand même être malade, et surtout, il ne faudrait pas laisser évoluer la maladie sans s'en rendre compte, surtout si vous êtes une population à risque d’évolution défavorable. Et cette population a été listée rapidement et de façon simple, vous la connaissez bien : pour faire simple, ce sont les patients de plus de 65 ans (et plus l’âge avance, plus le risque est important) et les facteurs de risque cardiovasculaire.

L’élément supplémentaire est que, clairement, c’est le test idéal du patient symptomatique. Si vous avez des symptômes, dans les quatre jours qui suivent l’apparition de vos symptômes vous pouvez faire ce test, il aura une bonne sensibilité et une bonne spécificité, puisque si vous êtes positifs, vous pouvez vous arrêter là — il n’y a même pas besoin de confirmation.

Les tests sérologiques

Comment interpréter les tests qui détectent les anticorps ? Vous produisez des anticorps, en particulier les IgM ; ce sont les premiers qu’on fabrique pour se protéger, un peu à la va-vite, le temps de faire des anticorps plus efficaces. Vous allez alors commencer à produire vos IgM dès 7 jours après l’infection. Or, vous vous souvenez qu’il y a 5 jours vous étiez sans symptômes... donc finalement, dès que vous avez des symptômes, quelques jours après, commencent à apparaître les IgM dans votre sang et il y a des tests qui permettent les détecter. Au bout de 14 jours après l’infection, c’est-à-dire globalement une dizaine de jours après les symptômes, des immunoglobulines de type G (IgG), les anticorps les plus efficaces, vont être produits. Tout les patients qui font des anticorps ne seront pas forcément détectés par le test ELISA. C’est un des éléments qui restent un problème pour ce test ELISA, qui est le test de référence, je le rappelle, mais qui ne détecte pas forcément tous les patients qui ont été infectés. (voir :
Immunité post-COVID : des données rassurantes )

Vous voyez ici qu’on a pris des patients dont on savait qu’ils avaient fait l’infection avec une PCR positive et on a regardé l’évolution de la positivité des anticorps IgM et IgG dans le sang avec cette fameuse sérologie ELISA, et vous voyez que même quand on laisse suffisamment de temps aux gens pour devenir positifs, tout le monde n’est pas détecté en termes de sérologie par ces tests. Et dans les éléments importants, ce n’est pas parce que vous avez un test négatif que vous avez été infectés, et à l’inverse, ce n’est pas parce que vous avez un test positif que vous avez forcément fait l’infection (car on l’a testé sur des sérums conservés au congélateur chez les gens avant l’ère du COVID et on voit que 2 % d’entre eux étaient déjà positifs, ce qui signifie que ce sont des faux positifs. Ces anticorps ont accroché le test sans spécificité.)

Si vous allez, pour les Fêtes par exemple, faire un test TROD sérologique en vous disant « est-ce qu’il y a deux ou trois semaines, je n’ai pas fait une infection sans m’en rendre compte », vous pouvez avoir le résultat très rapidement. Donc vous aurez toujours une fenêtre sérologique. En clair, il vous faut au moins 7 jours après l’infection pour commencer à faire des anticorps, et le taux de ces anticorps n’est pas tout de suite détectable.

Donc vous allez avoir environ, après la première semaine d’infection, des tests qui vont commencer à se positiver, mais ce ne sera pas tout de suite, et d’ailleurs on dit que l’idéal est d’attendre une quinzaine de jours après l’infection, ou après la supposée infection ou contamination, pour faire ces tests. Et plus vous allez attendre, plus il y a de probabilités qu’ils se positivent. Donc, dans la fenêtre sérologique, votre test sera négatif.

Si vous attendez quelques jours, vous allez voir apparaître ce qu’on appelle une bande en M ou IgM, donc cela traduit que vous avez rencontré le virus et que vous avez, dans cette phase précoce, produit des IgM.

C’est une première approche qui vous permet de détecter une phase relativement précoce.

Dans un deuxième temps, après environ 14 jours, vous allez voir apparaître et des anticorps de type IgG et vos premières IgM vont commencer à baisser.

Et si vous êtes suffisamment loin, après trois semaines, voire plus, vous n’aurez que des IgG qui vont être présents dans votre sang. Et vous voyez qu’avec cette sérologie, et en distinguant les anticorps précoces IgM des IgG, vous pouvez même dater l’ancienneté de l’infection, si on fait simple.

Donc avec ce test, en 30 minutes vous pouvez savoir si vous avez été exposé ou non, en sachant que ces tests sont un peu moins bons, normalement, que la sérologie ELISA, qui reste la sérologie de référence.

Ici, est récapitulé sur un schéma comment utiliser la PCR nasopharyngée ou le test antigénique (référence):

Lorsque vous êtes en phase aiguë, vous voulez chercher à savoir si l'individu est porteur d’une infection active. La première chose sera de détecter la PCR nasopharyngée en priorité — ce sera votre élément de référence. Et il faut toujours faire une PCR nasopharyngée si vous pouvez avoir les éléments en faveur d’une infection récente et si la PCR est disponible dans les 48 heures. Si la PCR n’est pas disponible dans les 48 heures, à ce moment-là, regardez si vous avez un sujet à risque. Si vous avez un sujet à risque, vous risquez d’être faussement rassuré par un test négatif. Donc n’oubliez pas : dans la population à risque, il faut préférer la PCR, même si elle n’est pas tout de suite disponible, pour vous assurer du diagnostic. Après, si votre patient est symptomatique, s’il a fièvre/rhume, le test sera le plus sensible dans les quatre premiers jours qui suivent ces symptômes. Pourquoi ? Parce que c’est le moment où vous produisez des particules virales, et les tests antigéniques, par définition, détectent des morceaux du virus actif, contrairement à la PCR, qui détecte du matériel du virus. Donc vous faites votre test, et s’il est positif, vous pouvez vous arrêter là.

Aujourd’hui, exceptionnellement, malgré un test qui est un TROD et donc qui devrait être confirmé par une PCR, on autorise à s’arrêter là parce que la spécificité est très bonne sur ces tests, donc globalement il n’y a pas de raison qu’il soit positif si vous n’avez pas l’infection. La sensibilité n’est pas parfaite, c’est un des éléments qui en fait la limite. C’est-à-dire que s’il vous rend un test négatif, c’est un peu comme la PCR — cela n’exclut pas que vous soyez quand même malade. Donc test à réaliser vraiment en phase aiguë.

Si vous n’avez pas de symptômes et que vous vous dites « je vais peut-être me faire tester parce qu’il y a deux-trois jours j’ai été en contact avec quelqu’un à risque », vous pouvez aussi utiliser un test antigénique. Cela a été récemment ajouté. Attention — encore une fois, il faut en connaître les limites. Normalement, si vous étiez à la maison, par exemple avec quelqu’un qui est infecté (votre mari, votre femme, vos enfants), vous faites un test immédiatement parce que vous pouvez déjà avoir passé la phase de latence, qui est la phase d’incubation des 5 jours avant de commencer à produire des virus et avant de devenir symptomatique. Vous pouvez avoir passé cette phase et être présymptomatique. C’est-à-dire que vous avez fait votre incubation et vous êtes dans les deux-trois jours qui précèdent l’apparition de symptômes, mais vous êtes déjà contagieux. Le test, si vous produisez des particules virales à ce moment-là, vous dira si vous êtes potentiellement contagieux. On fait donc un test d’emblée si vous avez été en contact prolongé. Vous faites un test à J0. Si vous êtes négatif, vous êtes peut-être encore dans cette phase d’incubation et donc vous en refaites un à J7. Et si à J7 il est négatif, a priori, on peut considérer que vous n’avez pas été infecté. Vous pourrez le confirmer a posteriori par une sérologie, mais vous avez bien compris qu’il faut attendre une quinzaine de jours, voire trois semaines idéalement.

Si vous avez été juste ponctuellement en contact avec un sujet à risque, à ce moment-là, vous faites votre test à 7 jours après contact, ce qui vous laisse globalement votre fenêtre d’incubation qui est d’environ 5 jours et vous vous mettez dans une phase où vous êtes, a priori, contagieux. Donc si vous êtes vraiment contagieux et positif, symptômes ou pas, normalement votre test sera positif. Encore une mise en garde : méfiez-vous, il y a des faux négatifs, donc le fait d’être négatif ne peut pas vous rassurer complètement sur le fait que vous n’êtes pas contagieux. Cela reste une limite de tous ces tests.

Temporalité des tests diagnostiques

J'ai résumé ici la temporalité des différents tests diagnostiques et vous voyez que la contagiosité commence 2 jours avant les symptômes, s’il y a symptômes, et environ 5 jours après le début de l’infection.

Donc vous avez ici les 5 jours avant le début de symptômes et dès 48 heures avant le début des symptômes, on infecte les gens. Presque la moitié des gens qui sont contaminés par le patient zéro, celui qui est infecté, le seront avant l’arrivée de symptômes. C’est ce qui fait toute la difficulté de la quarantaine chez ces patients. On ne peut pas attendre qu’ils aient des symptômes pour les isoler. Et à 5 jours, 95 % des patients ne sont plus contagieux et c’est 100 % à J7, sauf exception. Donc vous voyez que cinq jours après le début des symptômes vous n’êtes plus contagieux, vous ne produisez plus de particules virales et par définition votre TROD est négatif. La PCR peut rester positive plus longtemps et c’est ce qu’on voit surtout chez les patients âgés, surtout chez les enfants, avec un test antigénique qui peut être négatif, et pourtant une PCR qui est positive, parce que la PCR, le matériel viral, l’ARN viral, peut rester présent longtemps au niveau des tissus et donc vous donnez un positif alors que vous n’êtes plus contagieux.

Et quand le temps passe, après une quinzaine de jours, c’est là où vous pouvez faire les TROD sérologiques ou la sérologie ELISA. Et plus le temps passe, plus il y a probabilité qu’elle soit positive, si vous avez été contaminé. Donc cela vous donne une idée de ce que vous pouvez faire comme tests et de comment interpréter vos tests.

La sérologie ELISA, le TROD, plus le temps passe… idéalement à 15 jours, vous avez déjà 70 % des tests qui sont positifs, à trois semaines 90 % des tests, donc attendez, ne vous lancez pas tout de suite sur le test. Et à l’inverse, le test antigénique, avec la fenêtre -2 jours avant les symptômes, +4 jours après le début des symptômes, qui est vraiment une fenêtre très réduite mais c’est la fenêtre où vous êtes contagieux. C’est à ce moment-là que ce test prend tout son sens.

J’espère que vous êtes maintenant plus au clair sur les différents tests que vous pouvez utiliser et comment les utiliser.

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Citer cet article: Comment prescrire les tests diagnostiques de COVID-19 ? - Medscape - 13 janv 2021.