Probiotiques, panacée universelle ? Pas si simple

Tara Haelle, Marine Cygler

Auteurs et déclarations

23 novembre 2018

Rehovot, Israël –  Des probiotiques pour prévenir les diarrhées sous antibiotiques ? Des probiotiques contre les maladies psychiatriques ?Microbiote pulmonaire : une nouvelle approche dans l’asthme et la BPCO ? Les titres des articles parus récemment sur Medscape édition française témoignent d'une effervescence autour des probiotiques et de leurs potentielles vertus thérapeutiques. Sauf que la communauté médicale a encore beaucoup à apprendre avant d'envisager leur prescription à large échelle. Deux nouvelles études, toutes les deux signées de chercheurs de l'Institut Weizmann des sciences (Rehovot, Israël), viennent nous le rappeler [1,2].

5 leçons à tirer

En résumé, ces travaux, mix d’études randomisées sur l’homme et de données expérimentales sur l’animal, permettent de tirer quelques leçons :

  1. Les échantillons de selle ne livrent pas à eux seuls un panorama suffisant des interactions entre les probiotiques et le microbiome pré-existant et l'état de santé global.

  2. Chez certains individus, le microbiote résiste à la colonisation par les probiotiques. Mais d'autres microbiomes peuvent, eux, se modifier en réponse aux probiotiques et ce, de différentes façons et à différentes localisations du tractus gastro-intestinal.

  3. L'administration de probiotiques après des antibiotiques peut perturber le retour au niveau de base de la flore intestinale. A noter, toutefois, que l’impact clinique de cette donnée n’est pas clairement connu.

  4. Certaines caractéristiques de l'individu et de son microbiome peuvent largement prédire les effets des probiotiques.

  5. Le modèle murin n'est pas très informatif ou peu fiable pour comprendre les effets des probiotiques chez l'humain.

 
Ces résultats sont un appel à la prise de conscience pour les soignants qui recommandent assez facilement la prise de probiotiques. Pr David A. Johnson
 

Accepter les incertitudes

Pour les auteurs, les médecins – et les consommateurs – qui veulent explorer les possibilités thérapeutiques des probiotiques devront accepter les incertitudes de leur utilisation, les effets bien particuliers selon les individus, et la nécessité de fouiller la littérature avant de décider quel probiotique donner, pour quelle pathologie, pour qui et pourquoi.

« Ces résultats sont un appel à la prise de conscience pour les soignants qui recommandent assez facilement la prise de probiotiques  » a expliqué le Pr David A. Johnson, gastroentérologue à Eastern Virginia Medical School (Norfolk, Etats-Unis), à Medscape Medical News.

« C'est aussi un appel aux patients qui voient fréquemment dans les probiotiques une pilule miracle », poursuit-il.

« De notre point de vue, les médecins devraient considérer les probiotiques comme n'importe quel autre traitement médical », indique le Pr Eran Elinav (Institut Weizmann des sciences, Rehovot, Israël), auteur principal des deux études.

« Le domaine a besoin d'essais multicentriques, non financés par l'industrie et de grande qualité pour évaluer l'efficacité et les effets indésirables de l'utilisation des probiotiques », souligne-t-il.

La capacité de colonisation par les probiotiques dépend de facteurs multiples

Dans l'étude menée par le Dr Niv Zmora (Institut Weizmann des sciences, Rehovot, Israël), les chercheurs ont testé chez les humains et chez les souris une combinaison de différentes souches de probiotiques [1]. Les 29 volontaires adultes ont rempli des questionnaires concernant leurs antécédents médicaux, leur mode de vie et leur régime alimentaire. Ils ont été répartis soit dans le groupe traité, soit dans le groupe contrôle qui ne recevait rien.

 
Le domaine a besoin d'essais multicentriques, non financés par l'industrie et de grande qualité pour évaluer l'efficacité et les effets indésirables de l'utilisation des probiotiques. Pr Eran Elinav
 

Dans le groupe traité, 14 personnes ont reçu une supplémentation en probiotiques deux fois par jour, 5 un placebo également au même rythme pendant quatre semaines.  Les autres n’ont rien reçu. La supplémentation se composait d'un mélange de Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactococcus lactis, Lactobacillus casei, Bifidobacterium breve, Streptococcus thermophilus, Bifidobacterium longum  subsp longum, Lactobacillus paracasei, Lactobacillus plantarum, and B. longum subsp infantis.

Les chercheurs ont recueilli des échantillons de selle des participants au début de l'étude, puis chaque jour pendant la première semaine et enfin chaque semaine jusqu'à la fin du suivi. Pour quelques patients de chaque groupe, ils ont aussi récolté des biopsies de cellules luminales, muqueuses situées dans différentes localisations du tube digestif, avant et au cours de l'étude.

Les mêmes supplémentations en probiotiques ont été données à des souris dont l'intestin dépourvues de bactéries (les souris germ-free) et à des souris normales. Huit zones de leur système digestif ont été analysées, une fois les souris disséquées. Chez les souris normales, c'est-à-dire pour lesquelles il y avait des germes dans l'intestin, «les probiotiques ont rencontré une résistance à la colonisation au niveau des muqueuses ».

Les choses n'ont pas été si simples concernant les humains. La capacité de colonisation par les probiotiques dépend de la souche, de la zone du corps, et de facteurs uniques à chaque individu. Par exemple, les chercheurs ont découvert que l'expression de gènes de l'intestin et le niveau de base du microbiome permettent de prédire comment les probiotiques pourraient affecter cet organe.

« Cela met à mal le paradigme empirique actuel d'un traitement universel fondé sur les probiotiques. Cela suggère aussi que nous devrions nous tourner vers une approche personnalisée sur-mesure », explique le Pr Elinav.

Les selles n'apportent pas d'information sur le microbiote intestinal

Par ailleurs, les échantillons de selle n'ont pas permis de décrire les effets des probiotiques ni de les prédire. En d'autres termes, examiner les selles ne permet pas aux chercheurs de savoir ce que les probiotiques font ni ce qu'ils feront sur le tractus gastrointestinal.

 
Cela met à mal le paradigme empirique actuel d'un traitement universel fondé sur les probiotiques. Pr Eran Elinav
 

« Ce résultat est surprenant car nous nous reposons le plus souvent sur l'analyse des selles pour avoir une idée de la composition du microbiome. Or il nous montre, au moins pour certains cas, que nous devons directement échantillonner le microbiome intestinal pour obtenir des résultats plus pertinents » indique le Pr Elinav.

Les probiotiques retardent la reconstitution de la flore intestinale

Dans l'autre étude, Jotham Suez, doctorant à l'Institut Weizmann des sciences, et ses collègues ont sélectionné 21 adultes en bonne santé qui ont pris une semaine d'antibiotiques - ciprofloxacine 500mg deux fois par jour + métronidazole 500mg trois fois par jour [2].

A la fin du traitement antibiotique, les participants ont été répartis au hasard parmi trois groupes. Huit volontaires ont pris des probiotiques deux fois par jour pendant 28 jours, six ont reçu une transplantation fécale autologue (le prélèvement a été réalisé avant le traitement antibiotique) et sept n'ont pas eu de traitement. Les chercheurs ont fait des recueils de selle et des biopsies avant et après les traitements.

Contrairement ce qui était attendu, ils ont découvert que les probiotiques retardaient la restauration du microbiome. Autrement dit, il a fallu plus de temps pour que le microbiome intestinal revienne à son état initial chez les volontaires qui avaient absorbé des probiotiques que chez ceux qui avaient reçu une transplantation fécale autologue ou qui n'avaient rien eu.

« Cela met en lumière un effet indésirable potentiellement alarmant dans un contexte méconnu » explique le Pr Elinav puisqu’on sait qu’« une dysbiose post-antibiotique persistante induite par les probiotiques a été liée à un sur-risque de développer une obésité, une maladie cardiométabolique, des allergies, et plus encore... ».

 
Examiner les selles ne permet pas aux chercheurs de savoir ce que les probiotiques font ni ce qu'ils feront sur le tractus gastrointestinal.
 

Pour autant, la reconstitution retardée du microbiome lié aux probiotiques est-elle nécessairement mauvaise ? Le Dr Christopher Harrison (Children's Mercy Hospital, University of Missouri, Kansas City) fait l'hypothèse que ce phénomène de reconstitution très lente du microbiome pourrait permettre que celui-ci soit de meilleure qualité qu'avant la prise d'antibiotiques. Comme tous les spécialistes dans ce champ de recherche, il insiste sur la nécessité de mener des investigations plus poussées afin de mieux comprendre ce qu'il se passe alors au niveau de l'intestin.

Que retenir ?

Les résultats de ces travaux ont été largement discutés, notamment lors d'une rencontre entre des représentants de la Food and Drug Administration (FDA) et des National Institutes of Health (NIH), d'après le Dr Vincent Young (University of Michigan Medical School, Ann Harbor). Alors que certains se sont inquiétés que la régulation puisse être un frein à l'innovation et à l'usage thérapeutique des probiotiques, d'autres ont considéré que ces régulations sont importantes tant qu'on en sait pas assez pour faire des recommandations globales, a rapporté le Dr Young.

Mais, globalement, les différents experts interrogés s’accordent sur le même message, à savoir que les probiotiques ont une utilité clinique, qu’il y a très peu d’applications pour lesquelles des preuves sont établies, comme la prévention de l'infection à Clostridium difficile chez les personnes à risque, et qu’au-delà, on n'en sait pas assez pour recommander leur utilisation plus large dans la population.

« Nous en savons beaucoup, mais pas assez pour faire des recommandations adaptées au plus grand nombre », a expliqué Vincent Young à Medscape Medical News. « Je ne pense pas qu’on l’on ait suffisamment de connaissances pour conseiller tel ou tel probiotique et identifier les personnes répondeuses », poursuit-il. Tout ceci est bien décevant pour ceux qui voudraient dès à présent savoir quel probiotique prendre pour telle ou telle situation.

La version originale de l’article a été publiée le 15 octobre sur l’édition Medscape US.

 

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