Microbiote : un terrain d’exploration pour comprendre diabète et obésité

Vincent Bargoin

Auteurs et déclarations

13 avril 2015

et bien modifiable.

Première intervention : la chirurgie bariatrique. Initialement, elle n’était évidemment pas destinée à modifier le microbiote. C’est pourtant l’un de ses résultats. « Très vite après l’intervention, le microbiote s’enrichit », note le Pr Clément.

 
Très vite après l’intervention, le microbiote s’enrichit -- Pr Clément
 

Second type d’intervention : le régime alimentaire. Un des premiers travaux du genre, mené en France et publié dans Nature en 2013, a été mené chez 38 obèses et 11 individus en surpoids, soumis durant 6 semaines à une diète basse calories (1200-1500 kcal/j), puis 6 semaines supplémentaires, à une diète de stabilisation du poids [2].

L’intervention se solde par une augmentation de la richesse génétique du microbiote, associée à un effet sur les triglycérides, et la hsCRP. On note que cet effet anti-inflammatoire perd sa significativité chez les sujets initialement porteurs d’un microbiote de faible diversité génétique. L’analyse du microbiote pourrait donc fournir des critères prédictifs de la réponse à un régime alimentaire.

Akkamancia mucinophila et les autres

A ce stade, il est difficile de porter un jugement sur les études d’intervention, à la fois parce qu’elles restent très peu nombreuses, et parce que le type d’intervention n’est absolument pas fixé.

Le régime alimentaire est évidemment la manœuvre à laquelle on pense en premier lieu, mais elle est peu spécifique. Or, l’identification des espèces bactériennes va vite et l’on peut imaginer d’autres interventions, beaucoup plus ciblées, comme le transfert d’espèces bactériennes clés.

L’une d’elles semble avoir été identifiée : Akkamancia mucinophila.

« Lorsqu’on transfert spécifiquement cette bactérie à des souris grasses, leur phénotype s’améliore », indique le Pr Clément. Chez l’homme par ailleurs, des résultats obtenus chez une cinquantaine de sujets obèses montrent des relations inverses entre richesse du microbiote en Akkamancia mucinophila et taux de glucose d’une part, et taille des adipocytes d’autre part : plus la bactérie est présente, plus les adipocytes sont petits.

La situation ne se résume certainement pas à Akkamancia mucinophila: là où l’étude du microbiote a un peu ouvert les yeux sur la réalité des écosystèmes, il ne faudrait pas revenir trop vite à un réductionnisme pur et dur. « Quand on a beaucoup d Akkamancia mucinophila, on a aussi beaucoup d’autres bactéries », résume le Pr Clément.

Réfléchir aux conséquences de certains gestes médicaux

Il reste que la bactérie semble être un point d’entrée privilégié, à la fois pour analyser l’impact phénotypique du microbiote, et peut-être aussi, pour réfléchir aux conséquences de certains gestes médicaux.

Quid notamment, de la prescription d’antibiotiques ? Pour le Pr Clément, l’antibiothérapie répétée dans la petite enfance « peut avoir un effet profond sur la richesse du microbiote ».

Quid, aussi, de la metformine, prescrite aux diabétiques « alors même qu’elle « modifie profondément le microbiote, et en particulier Akkamancia mucinophila » ?

En d’autres termes, là où l’on recherche des moyens d’intervention, il est possible que se dégagent des moyens de prévention. Dans 10 ans, les messages de modération vis-à-vis de l’antibiothérapie pourraient aussi être destinés à protéger le microbiote.

La seule certitude est que la liste des grands projets de recherche lancés de par le monde autour du microbiote, est impressionnante.

Les Etats-Unis ont ouvert le bal, en 2007, avec le Human Microbiome Project. Mais, en 2012, on comptait aussi la Canadian Microbiome Initiative, le projet européen Metacardis, tourné vers les maladies cardiovasculaires, ainsi que le projet MegaHit, lancé en collaboration avec la Chine.

La Chine mène par ailleurs un projet autonome, dit MegaGut, tandis que le Japon poursuit le Human Metagenome Consortium, que Singapour se lance dans le Human Gastric Microbiome Project, et l’Australie, l’Australian Urogenital Project.

Cette « prolifération de projets mondiaux », selon le mot du Pr Clément, fait étrangement écho à l’effort de séquençage du génome humain, auquel on assistait dans les années 90.

Karine Clément a déclaré n’avoir pas de lien d’intérêt en rapport avec le sujet, et mener des programme de recherche avec Danone, et les sociétés LNC et Oligos.

 

REFERENCES :

  1. Clément K. Notre microbiome intestinal nous rend-il obèse (et diabétique vasculaire) ? Congrès d el aSociété Francophone du diabète. Session : les nouvelles hypothèses de l’obésité. Bordeaux, 25 mars 2015.

  2. Cotillard A, Kennedy SP, Kong LC et coll. Dietary intervention impact on gut microbial gene richness. Nature. 2013 Aug 29;500(7464):585-8. doi: 10.1038/nature12480.

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