L'hypercomplexité génomique des tumeurs complique et inquiète les cancérologues

Alain Perez

Auteurs et déclarations

2 juillet 2013

L'hypercomplexité génomique inquiète les cancérologues

L'hyperdiversité des signatures biologiques des tumeurs rend d'autant plus complexe leur prise en charge « personnalisée » et impose de gros investissements.

2 juillet 2013

Chicago Etat Unis -- « Plus de 25.000 mutations du gène p53 qui est le plus fréquemment altéré dans les tumeurs humaines sont aujourd'hui répertoriées par l'Agence internationale de la recherche sur le cancer (IARC). Cela nous montre à quel point le fonctionnement de la cellule cancéreuse est complexe. Cela nous indique aussi le chemin qui nous reste à accomplir pour comprendre ces phénomènes » Pour . Brian Lehmann, chercheur à l'université Vanderbilt de Nashville dans le Tennessee, la cellule cancéreuse est loin d'avoir livré tous ses secrets. C'est d'ailleurs une des leçons de l'ASCO 2013.

A l'assaut de la « Panomics »


Comment faire face à l'hyperdiversité génomique qui se révèle chaque année plus complexe ? Les oncologues américains utilisent désormais le terme « Panomics » pour décrire cette complexité. Ce néologisme comprend en fait l'ensemble des mutations, des protéines et des voies de signalisation existants dans une tumeur. Selon l'Institut National du Cancer (INCa), sur les 22 000 gènes codant pour des protéines chez l'humain, on a déjà identifié 350 gènes associés à un cancer. Les chercheurs estiment aujourd'hui que chez l'humain plus de 2000 gènes pourraient jouer un rôle dans l'apparition ou le développement d'un phénomène tumoral. «Les oncologues vont devoir comprendre toutes les voies de signalisation des tumeurs pour faire le bon diagnostic et choisir les traitements les mieux adaptés » précise Michael Link, oncologue pédiatrique et ancien président de l'ASCO.

Cent milliards de paires de bases


Compte tenu des mutations germinales (héréditaires) et des mutations conductrices (acquises) les chercheurs estiment désormais que la connaissance de chaque génome tumoral demandera l'identification de 100 milliards de paires de bases. « Pour faire face à cette hypercomplexité nous avons besoin de nous appuyer sur des mathématiciens et des informaticiens » indique Fabrice André, directeur de recherche à l'Inserm et oncologue à l'Institut Gustave Roussy .« A terme l'élément principal de la décision thérapeutique se fera à partir des données qui nous serons fournies par les bioinformaticiens » précise le chercheur. Selon lui, cette transformation ne changera pas la relation traditionnelle entre le médecin et son patient (voir le commentaire vidéo). Le centre parisien a passé un accord avec le spécialiste des logiciels Dassault Systems pour construire des algorithmes d'interprétation des quantités considérables de données qui vont être générés par les tumorothèques du monde entier.

La recherche académique en mal de crédits


Dans ce contexte, la recherche fondamentale réalisée dans les universités devient essentielle et nombre d'acteurs de cette discipline se plaignent de la baisse des crédits publics qui touche de nombreux pays occidentaux. Selon l'actuelle présidente de l'ASCO Sandra Swain, « des coupes drastiques dans les budgets de la recherche médicale ralentiraient considérablement la recherche académique au moment où le monde en a le plus besoin pour faire face aux défis du cancer. Plus de 7,6 millions de personnes vont mourir du cancer cette année et ce total atteindra 12 millions en 2030 ». Selon la présidente de l'ASCO le budget des National Institutes pour 2014 a été revu à la baisse pour 2014 tout en restant à un niveau confortable (32 milliards de dollars).

C'est dans le domaine des essais cliniques que la situation semble la plus tendue. Selon Monica Bertagnolli, cancérologue au Dana Farber Hospital de Boston, le financement des essais cliniques des nouvelles molécules ne dépasse pas 243 millions de dollars par alors que « l'industrie pharmaceutique injecte des milliards de dollars dans ce poste ». Selon cette spécialiste américaine le développement des thérapies innovantes doit être financé par des fonds publics de façon à « maximiser le bénéfices de ces traitements pour les patients et la société ».

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