Les coronavirus des chauves-souris sous haute surveillance

Dr Isabelle Catala

Auteurs et déclarations

3 décembre 2012

Les coronavirus des chauves-souris sous haute surveillance

Les chauves-souris sont à l'origine d'émergences infectieuses et probablement du SRAS via la transmission à un animal d'élevage, en 2002. Un nouveau virus fait actuellement parler de lui.
3 décembre 2012

Paris, France — Le 23 novembre 2012, l'OMS rapporte deux nouveaux cas confirmés d'infections humaines par un nouveau Betacoronavirus des chauves-souris à l'origine de pathologies respiratoires et fébriles potentiellement mortelles [1].

Seuls 6 cas ont été signalés jusqu'à présent en Arabie Saoudite, Jordanie et au Qatar et aucune contamination interhumaine n'ait été décrite. Pourtant le potentiel infectieux et létal de ces virus fait l'actualité puisqu'une session de la 3ème Réunion Interdisciplinaire de chimiothérapie anti-infectieuse (RICAI 2012) était consacrée au coronavirinae des chauves-souris [2] .

Une source de contamination scrutée depuis l'émergence du SRAS en 2002


Avant 2002, les coronavirinae n'étaient pas considérés comme des pathogènes importants pour l'homme. Pourtant, 5 de ces virus infectaient déjà l'homme de façon ubiquitaire (HcoV229E, HcoV OC43, HcoV NL63, HcoVOC38 et HcoV HKU1).

En 2002, l'épidémie de SRAS - qui a fait 8 442 victimes à travers le monde et qui a causé 912 décès - était liée au SRAS-CoV, un descendant des Betacoronavirus retrouvés chez les chiroptères (chauves-souris). Le travail mené par la communauté virologique mondiale a permis de détecter que les civettes d'élevage étaient le réservoir du SRAS CoV. Il semblerait que l'élevage d'animaux naturellement sauvages et potentiellement infectés par des virus de chauve-souris du genre Coronavirinae ait conduit à l'émergence, en plusieurs étapes, d'une espèce virale pathogène pour l'homme.

Un nouveau coronavirus pathogène pour l'homme


Qu'en est-il pour le nouveau Betacoronavirus ? Dès que les premiers cas ont été signalés, l'OMS a proposé une définition des cas afin de faciliter les recherches virologiques [3].

Les premières analyses ont montré que le virus le plus proche de ce nouvel agent est le Betacoronavirus HKU5 détecté en 2007 à Hong Kong chez une petite chauve-souris, Vespertillinonidae, inscrite sur la liste rouge des espèces menacées sur la planète.

« En l'état actuel des connaissances, et en dépit du lien phylogénétique apparent, le lien épidémiologique entre le nouveau coronavirus et les chiroptères n'est pas établi et peu d'informations sont disponibles sur l'origine des contaminations humaines », analyse Meriadeg Le Gouil (Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence, Institut Pasteur, Paris).

« Comme pour le Betacornavirus CoV SRAS, un hôte intermédiaire pourrait avoir contracté le virus avant le transmettre lui-même à l'homme. Ce qui fait pour l'instant la différence entre le CoV SRAS et ce nouveau Betacoronavirus c'est son absence de transmission interhumaine, du moins pour l'instant. Mais l'histoire de cette deuxième émergence est encore loin d'être écrite et un travail de recherche intense est actuellement mené chez l'homme et l'animal ».

Les coronavirus ont le plus grand génome viral à ARN connu


Les Coronavirinae sont des virus à ARN enveloppés qui infectent les mammifères et les oiseaux. Ils sont à l'origine de pathologies à tropisme entérique ou respiratoire et certains d'entre eux provoquent des encéphalites ou des maladies hépatiques.

Composés de 27 600 à 31 000 bases, le génome des Coronavirinae est le plus grand génome à ARN connu. Les stratégies de réplication et d'expression du génome font appel à des processus complexes propres à cette famille et à l'ordre des Nidovirales dont ils font partie. C'est à partir de l'émergence du SRAS en 2002 que ces virus ont été recherchés de façon systématique chez les chauves-souris. Bien que la CoV SRAS ait d'abord été détecté chez un mammifère, les recherches menées par la suite ont permis de préciser que les chiroptères sont les hôtes naturels des Betacoronaviridae.

Henipavirus, l'autre danger des chauves-souris

Les virus Hendra et Nipah qui font partie du genre Henipavirus, causent chez l'homme des encéphalites et atteintes respiratoires souvent mortelles. Leur réservoir naturel est une chauve-souris frugivore du genre Pteropus qui sont parmi les plus grands chiroptères connus (300 g à 1 kg)[4].

De 15 à 40 % de ces animaux qui vivent en Australie et Asie du Sud Est sont actuellement contaminés par le virus Nipah qui est présent depuis 1994 en Asie avec des épidémies récentes en Inde, au Bangladesh et en Malaise.

Si des animaux (porcs) apparaissent comme un hôte intermédiaire pour certaines épidémies, les derniers cas survenus au Bangladesh se sont produits de façon directe par la consommation de jus de dattier frais contaminé par des rejets de chauves-souris. Une contamination interhumaine a ensuite propagé les épidémies.

Le virus Hendra, pour sa part, nécessite la présence d'un hôte intermédiaire, le cheval.

Les Pteropus vivent en communauté perchées sur des arbres et peuvent parcourir jusqu'à 600 km. Différentes espèces peuvent partager les mêmes arbres et c'est de cette façon que des interactions entre espèces de chauves-souris peuvent survenir. Du fait de leur capacité à s'adapter entre espèces, les Henipavirus pourraient émerger à l'avenir sous forme de variants hautement pathogènes pour l'homme y compris dans des régions où aucun Pteropus ne vit actuellement.


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